Institute of Sciences https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/1357 2026-11-14T15:07:00Z 2026-11-14T15:07:00Z GÜNYEL, Zeynep https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6500 2026-11-12T11:46:33Z 2023-01-01T00:00:00Z

Sütte Bulunan Eksozomların Nano-LC Sisteminde Analizi GÜNYEL, Zeynep ÖZET: Bu tez çalışmasının amacı, ters faz nano-sıvı kromatografisi (nano-LC) için yeni metakriloil grafen oksit nano partikül (MGONP) bazlı hidrofobisitesi artırılmış monolitik nano kolonların hazırlanması ve bu kolonların süt numunelerinden eksozomların ayrımı ve analizi için nano-LC sisteminde kullanılması olarak belirlenmiştir. Bu bağlamda, çalışma kapsamında MGONP’leri grafit kullanılarak elde edilmiş ve MGONP içeriğine sahip monolitler hazırlanarak karakterizasyon çalışmaları yapılmıştır. İlk olarak, monolitik kolonlar, butilmetakrilat (BMA), etilen dimetakrilat (EDMA) ve MGONP içeren solüsyonlar hazırlanmış, porojenik çözücü olarak dimetilformamid (DMF) ve su kullanılmıştır. Hazırlanan polimerik solüsyon 50 μm i.d.’lik fused silika kapiler kolonlar içerisine enjekte edilerek in-situ polimerizasyon yöntemi ile monolitik kolonlar hazırlanmıştır. Hazırlanan kolonların hidrofobisitesinin artırılması için, kolonlar dimetiloktadesilklorosilan (DODCS) ile modifiye edilmiştir. Karakterizasyon için monolitik kolonların morfolojik yapıları SEM görüntüleri ve FT-IR analizleri ile incelenmiştir. Ayrıca, hazırlanan monolitik nano kolonların kromatografik karakterizasyonu nano-LC’de alkilbenzen homologları kullanılarak yapılmıştır. Karakterizasyonu yapılmış monolitik kolonlar kullanılarak nano-LC sisteminde sütten ekstrakte edilen eksozom ayırımı ve analizi için kromatografik optimizasyon çalışmaları yapılmıştır. Eksozomlar karakterizasyon ve tanımlamaları için NTA, SEM, FT-IR kullanılmış ve sonrasında etkin olarak nano-LC’de kromotografik analizleri yapılmıştır. Geliştirlen yöntemin etkin sonuç verdiği ve yeni bir yaklaşımla eksozom izolasyon yöntemi geliştirilmiş olduğu görülmüştür.; ABSTRACT: The aim of this thesis is to prepare methacryloyl graphene oxide nanoparticles (MGONPs) based monolithic nano-columns with increasin hydrophobicity for the separation and analysis of exosomes in milk samples. In this thesis, graphite was used for the synthesis of MGONPs and the preparation adn characterization of the developed monolithic columns were performed. Firstly, the monolithic columns are prepared using polymeric solutions composing of BMA EDMA and MGONPs and DMF/H2O as porogenic solvent. The final solution for monolithic column preparation was injected into the fudes silica capillary column with 50 μm i.d. in order to make in-situ polymerization. Final monolithic columns are modified for the increasing their hydrophobicity, which is neccessary for exosome separation and analysis. SEM images and FT-IR are applied for the characterization of monolithic columns as well as chromatographic characterization with homologous alkylbenzenes. The characterized monolithic olumns are applied for the separation and analaysis of exosomes in milk samples by using reversed-pahse nano-LC. In addtion to nano-LC studies, NTA, SEM and FT-IR are used for the tandem characterization of exosomes. All results shows that the developed tecnique is a novel and promising methadology for exosome isolation and it is proposed as a novel approach for exosome isolation.

2023-01-01T00:00:00Z KURT, Zeynelabidin https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6498 2026-11-12T11:29:36Z 2021-01-01T00:00:00Z

Bingöl İli Bal Arılarında (Apis Mellifera L.) Siyah Kraliçe Hücre Virüsü, Tulumsu Yavru Çürüklüğü Virüsü ve Akut Arı Felç Virüsü'nün Yaygınlığını Rt-Pcr Yöntemi ile Belirlenmesi ve Tespit Edilen İzolatların Moleküler Karakterizasyonu KURT, Zeynelabidin ÖZET: Yürütülen bu çalışmada Bingöl ili Bal arılarındaki Siyah Kraliçe Hücre Virüsü (BQCV), Tulumsu Yavru Çürüklüğü Virüsü (SBV) ve Akut Arı Felci Virüsü (ABPV) infeksiyonları ve yaygınlıkları her virüse özgü primerler kullanılarak RT-PCR metodu ile araştırılmıştır. Buna göre 128 farklı arılıktan rastgele şekilde toplam 384 canlı işçi arı örneği toplanmış ve laboratuvara getirilmiştir. Araştırması yapılan virüslerden SBV virüsü 128 arılıktan 9'inde %7,03 infeksiyon oranıyla belirlenirken BQCV virüsü ise 128 arılıktan 15'inde %11,7 infeksiyon oranıyla belirlenmiş, ABPV ise belirlenememiştir. Moleküler teşhis çalışmasında aynı zamanda bir örnekte %0,78 oranında ikili infeksiyon da tespit edilmiştir. Tespiti yapılan her bir virüsten rastgele seçilen bir izolatın kısmi poliprotein gen bölgesi moleküler olarak pGEM T-Easy vektörüne Klonlandı ve nükleotit dizi sırası ortaya çıkarıldı. SBV için 342 nükleotitlik iki dizi ve BQCV için 700 nükleotit içeren bir dizi sırasıyla MZ357971, MZ357972 ve MZ357974 erişim numaraları ile gen bankasına (NCBI) kaydedilmiştir. Her iki viral genoma ait dizilerin filogenetik ilişkisi gen bankasında yer alan dünya çapındaki diğer izolatlar kullanılarak araştırılmıştır. BQCV- Bingöl izolatı (MZ357974) %96,58 oranında en yüksek nükleotit benzerliği ile Brezilya izolatına, en düşük %75,71 oranda ise İsveç izolatı (KY363519) ile benzerlik gösterdiği saptanmıştır. SBV-Bingöl dizileri ise (MZ357971 ve MZ357972) kendi arasında %100 oranında benzerlik göstermiş olup, her iki dizinin nükleotit benzerliği diğer izolatlar ile %85,96-%92,98 arasında değişmiştir. Ayrıca yapılan filogenetik analizler, her iki izolatın en fazla Türkiye (MH251274) izolatı ile en az ise Çin (JX679488) izolatı ile filogenetik yakınlık içerisinde olduğunu ortaya çıkardı. Bu çalışmada tespiti yapılan SBV ve BQCV virüslerinin varlığı Bingöl ili için ilk kayıt niteliğindedir.; ABSTRACT: In this study, Black queen cell virus (BQCV), Sacbrood virus (SBV), and Acute bee paralysis virus (ABPV) infections and their prevalence were investigated by RT-PCR method using primers specific to each virus in honey bees in Bingöl province. Accordingly, a total of 384 alive worker bee samples were randomly collected from 128 different apiaries and brought to the laboratory. Among the viruses studied, SBV and BQCV were identifified in 9 with an infection rate of 7.03% and 15 with an infection rate of 11.7% of 128 apiaries, respectively, but ABPV could not be detected in apiaries. In molecular tests, double infection was also detected in a sample with a infection rate of 0.78%. Partial polyprotein gene region of a randomly selected isolate from each detected virus were molecularly cloned into the pGEM T-Easy vector and the nucleotide sequence sequence was revealed. Two sequences of 342 nucleotides for SBV and a sequence of 700 nucleotides for BQCV were registered in the GenBank (NCBI) under the accession numbers MZ357971, MZ357972 and MZ357974, respectively. The phylogenetic relationship of the sequences of both viral genomes was investigated using other worldwide isolates from the gene bank. BQCV-Bingöl isolate (MZ357974) was found to be similar to the Brazilian isolate with the highest nucleotide similarity of 96.58%, and to the Sweden isolate (KY363519) at the lowest rate of 75.71%. The SBV-Bingöl sequences (MZ357971 and MZ357972) showed 100% similarity among themselves, and the nucleotide similarity of both sequences varied between 85.96% and 92.98% with other isolates. In addition, the phylogenetic analysis showed that both isolates showed the highest phylogenetic affinity with the Turkish isolate (MH251274), while the least phylogenetic affinity with the Chinese (JX679488) isolate. The presence of SBV and BQCV viruses detected in this study is the first record for Bingöl province.

2021-01-01T00:00:00Z AYAN, Zeynep https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6497 2026-11-11T11:31:28Z 2021-01-01T00:00:00Z

Bingöl Yöresi Arı İşletmelerinde (Apis mellifera L.) Nosema Hastalığının Araştırılması AYAN, Zeynep ÖZET: Bu araştırmada Bingöl ili arı işletmelerinde Nosema hastalığı yaygınlığının belirlenmesi amaçlandı. Araştırmada Bingöl merkez ve diğer ilçelerde arıcılık yapan 123 adet arı işletmesi ziyaret edilerek toplam 1245 adet arı örneği toplandı. Alınan örneklerin laboratuvar incelemeleri sonrası işletmelerden 26 (%21,13)’sı ve örneklerden 98 (%7,87)’i Nosema hastalığı yönünden pozitif bulundu. Araştırmada işletme bazında hastalık oranı en yüksek oranda merkez ilçedeki işletmelerde %24,52 görülürken en düşük oranın ise Karlıova ilçesindeki işletmelerde %13,33 tespit edildi. İşletmelerden alınan ve incelenen örneklerden ise en yüksek oranın merkez ilçede %15,11 tespit edilirken en düşük oranın ise Karlıova %2,80 ve Yayladere %2,85 ilçelerinde saptandı.; ABSTRACT: In this study, it is aimed to determine the prevalence of Nosema disease in bee businesses in Bingöl province. In the research, 1245 bee sample was collected by visiting 123 beekeeping establishments in the center of Bingöl and other districts. After laboratory examinations of the samples, 26 (21.13%) of the businesses and 98 (7.87%) of the samples were found to be positive for Nosema disease. In the study, the highest rate of the disease was found in the businesses in the central district (24.52%), while the lowest rate was found in the businesses in Karlıova district 13.33%. Among the samples taken from the businesses and examined, the highest rate was found in the central district 15.11%, while the lowest rate was found in Karlıova 2.8% and Yayladere 2.85%.

2021-01-01T00:00:00Z SEZER, Zeynep https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6496 2026-11-11T08:32:37Z 2021-01-01T00:00:00Z

Klor Dioksitin Buğday (Triticum aestivum L.) Bitkisinin Fizyolojik, Biyokimyasal ve Moleküler Süreçleri Üzerine Etkisi SEZER, Zeynep ÖZET: Bu çalışmada; farklı konsantrasyonlardaki klor dioksitin CIO2 (50, 100, 250,500 ve 1000 mg/L) Gerek 79 ve kızıltan buğday (Triticium aestevum L.) çeşitlerinin kök ve gövdeleri üzerine fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler etkileri araştırılmıştır. Yapılan ön çalışmalardan sonra tüm parametrelerde 50 ve 100 mg/L CIO2 konsantrasyonları kullanılmıştır. Fizyolojik incelemeler ile bitkilerde oluşan çimlenme oranı, kök ve gövde uzunluğu ve yaş-kuru ağırlık oranları incelenmiştir. Biyokimyasal parametreler olarak lipit peroksidasyon oranı (MDA), reaktif oksijen türleri (H2O2, O2.-), antioksidan enzim aktiviteleri, α-amilaz enzim aktivitesi, element analizi (Na+,K+), moleküler parametre olarak ise SDS-PAGE analizleri incelenmiştir. Kullanılan CIO2 konsantrasyonları bitkilerin fizyolojik parametreleri üzerine herhangi bir inhibisyona neden olmamıştır. MDA miktarının her iki çeşidin köklerinde azalırken gövde de artmıştır. H2O2 miktarı Gerek 79 çeşidinin köklerinde değişmemiş gövde kısmında ise azalırken, kızıltan çeşidinin her iki kısmında da azalmıştır. O2.-. miktarı ise her iki çeşidin kök ve gövde kısımlarında artış göstermiştir. Her iki bitki çeşidinde α-amilaz ve peroksidaz (POD) enzimlerinin aktivitesi azalmıştır, süperoksit dismutaz (SOD) enziminde ise artış olmuştur. Katalaz (CAT) enziminde ise çeşit ve bitki kısmına da bağlı olarak bazı konsantrasyonlarda artış bazı konsantrasyonlarda ise azalma olmuştur. Element analizleri için Na/K miktarlarına bakılmıştır ve Na/K dengesinin korunduğu anlaşılmıştır. Hücresel protein analizleri için SDS-PAGE yöntemi kullanılmıştır ve her iki çeşitte de yeni bantlar oluşmuş, kızıltan çeşidinin gövde kısmında bantlar daha da belirginleşmiştir. Tüm bu sonuçlar birlikte değerlendirildiğinde ClO2’nin kullanılan konsantrasyonları buğday bitkisinde önemli bir inhibisyona neden olmadığı hatta fizyolojik parametrelerde iyileştirmeler yapmıştır.; ABSTRACT: In this study; the physiological, biochemical and molecular effects of different concentrations (50, 100, 250, 500 and 1000 mg/L) of chlorine dioxide (CIO2) on the roots and stems of Gerek-79 and Kızıltan varieties of wheat (Triticium aestevum L.) plants were investigated. After the preliminary studies, 50 and 100 mg/L CIO2 concentrations were used in all parameters. Germination rate, root and stem length and fresh-dry weight ratios of plants were investigated as physiological examinations. Biochemical parameters such as lipid peroxidation rate (MDA), reactive oxygen species (H2O2, O2-.), antioxidant enzyme activities (SOD, POD, CAT), α-amylase enzyme, elemental analysis (Na+,K+) and SDS-PAGE as molecular parameter analyzes were examined. The CIO2 concentrations used did not cause any inhibition on the physiological parameters of the plants. The amount of MDA decreased in the root part of both cultivars but increased in the stem. While the amount of H2O2 did not change in the root part of Gerek variety, it decreased in the stem, it decreased in both the root and the stem of the Kızıltan variety. The amount of O2-. Increased in the root and stem parts of both varieties. In both cultivars, the activity of α-amylase and POD enzymes decreased, while there was an increase in SOD enzyme. In CAT enzyme, there was an increase in some concentrations and a decrease in some concentrations. For element analysis, Na/K amounts were checked and it was understood that the Na/K balance was preserved. SDS-PAGE method was used for cellular protein analysis and new bands were formed in both plants, and the bands became more evident on the stem part of the Kızıltan variety. When all these results are evaluated together, ClO2 did not cause a significant inhibition in wheat plant and even improved physiological parameters.

2021-01-01T00:00:00Z