https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/1360 Biology Thu, 24 Sep 2026 08:20:27 GMT 2026-09-24T08:20:27Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6363 C60 Fullerene'nin A549 İnsan Akciğer Kanseri Hücre Hattında Otofajik Markerlar Üzerine Etkisi YILDIRIM, Mahmut ÖZET: Akciğer kanseri dünyada en sık görülen kanser türüdür. A549 akciğer kanseri hücre hattı, biyoaktif bileşiklerin kemoterapi etkisini incelemek için uygun bir modeldir. Nanopartiküller C60 fullerene, güçlü bir antioksidan olarak kabul edilir ve antikanser aktivitesi gösterir. Karbon nanopartikülleri, fullerenlerin küresel simetrik yapıda birleştirilmiş atomlara sahip olmasından dolayı benzersiz özelliklere sahiptir. Nanopartikül moleküllerinin kendine özgü kimyasal ve fiziksel özellikleri, minimal konsantrasyonlarda bile etkin hareket etmelerini sağlar. Pek çok kemoterapi ajanının aksine fulleren, geniş konsantrasyonlarda normal ve malign olmayan hücreler için toksik değildir. C60 fullerenin kanserdeki etkisi kapsamlı bir şekilde araştırılmasına rağmen, A549 hücre hattında otofaji ve apoptozisin potansiyel regülasyonu ele alınmamıştır. Bu çalışmada C60 fullerenin insan A549 akciğer kanseri hücre hattında apoptoz ve otofaji yolu üzerindeki etkisi araştırılmıştır. A549 hücreleri 24 saat boyunca farklı ve düşük konsantrasyonlarda (100, 250 ve 500 nM) C60 fulleren ile tedavi edildi. Hücre canlılığı MTT testi ile tespit edildi. ROS seviyeleri DCFD-A testi ile ölçüldü. p53, Bax, Beclin1 ve TIGAR protein ekspresyonlarındaki değişiklikler western blot tekniği ile analiz edildi. MTT ve DCFD-A analizinin sonuçları, düşük dozdaki C60 fullerenin, A549 hücre hattında; hücre canlılığı ve ROS seviyesi üzerinde anlamlı bir etkisinin olmadığını göstermiştir. C60 fullerene sahip A549 hücreleri, düşük dozlarda p53, Bax ve TIGAR proteinleri ekspresyon seviyelerinde artışa neden olurken, Beclin1 proteinleri ekspresyon seviyesi konsantrasyona bağlı bir şekilde artmıştır. Genel olarak, bulgularımız suda çözünebilir C60 fullerenin A549 hücrelerinde apoptozisi ve otofajiyi indüklediğini göstermektedir. Bulgularımız akciğer kanseri hücrelerinde C60 fullerenin etki mekanizmalarına ışık tuttuğunu düşünmekteyiz.; ABSTRACT: Lung cancer is the most common type of cancer in the world. The A549 lung cancer cell line is suitable model to study chemotherapy effect of variuos bioactive compounds. Nanoparticles C60 fullerene are recognized as the power antioxidant and demonstrate anticancer activity. Carbon nanoparticles posses unique properties due to the fact that fullerenes have the atoms combined in spherical symmetric structure. Peculiar chemical and physical properties of nanosized molecules enable them to act effectively in minimal concentrations. In contrast to many chemotherapy agents, this fullerene absolutely non-toxic for a normal non-malignated cells in wide range of concentrations. Despite the fact that, the effect of C60 fullerene in cancer has been extensively studied, the potential regulation of autophagy and apoptosis has not been addressed in A549 cell line. Therefore, we investigated the effect of C60 fullerene on apoptosis and autophagy pathway on human A549 lung cancer cell line. A549 cells were treated with different low concentrations (100, 250 and 500 nM) C60 fullerene for 24 hours. Cell viability were detected by MTT assay. ROS levels were measured by DCFD-A assay. The changes of p53, Bax, Beclin1 and TIGAR protein expressions were analysed by western blotting. The results of MTT and DCFD-A assay showed that low dose C60 fullerene has no effect on cell viability and ROS level in A549 cell line respectively. The treatment A549 cells with C60 fullerene caused p53, Bax, and TIGAR proteins expression level increase in lowest dose, while Beclin1 proteins expression level increased in concentration-depend manner. Overall, our findings have suggested that water-soluble C60 fullerene induces apoptosis as well as autophagy in A549 cells. Our findings shed light on the mechanisms of C60 fullerene effect in Lung cancer cells. Mon, 01 Jan 2018 00:00:00 GMT https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6363 2018-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6299 Bingöl İlinden Toplanan Hydrophilidae (Coleoptera) Familyasının (Helochares ve Coelostoma) Cins ve Türler Arası Toplam Lipit ve Yağ Asiti Bileşenlerinin Araştırılması YILDIZ, Günay ÖZET Bu çalışmada Bingöl İlinden toplanan Hydrophilidae (Coleoptera) familyasının (Helochares ve Coelostoma) cins ve türler arası toplam lipit ve yağ asiti bileşenleri belirlenmiştir. Örnekler, Mayıs- Haziran 2015 tarihleri arasında çesitli akarsu, kaynak, dere, birikinti ve sıcak su gözelerinin sığ kesimlerindeki bitki ve yosunlar arasından elek yardımıyla toplanmıştır. Böceklerin yağ asiti kompozisyonu gaz kromotografisi (GC-MS) ile belirlenmiştir. Bu çalışmanın sonucunda ΣDYA (Doymuş Yağ Asitleri), ΣTDYA (Tekli Doymamış Yağ Asitleri) ve ΣÇDYA (Çoklu Doymamış Yağ Asitleri) düzeylerinin cinsler ve türler arasında değişim oranları belirlenmiştir. Ayrıca, türlerin eşeye göre toplam lipit miktarı (%) tespit edilmiştir. İncelenen örneklerin hepsinde, ΣDYA %23,87 - %40,79, ΣTDYA, %21,6 - %53,20 ve ΣÇDYA, %14,29 - %27,35 düzeyinin aralıklarında olduğu bulunmuştur. Gaz kromotografisi sonuçlarına göre,temel yağ asitleri doymuş yağ asitlerinden; miristik asit (14:0), pentadekanoik asit (15:0), palmitik asit (16:0) ve heptadekanoik asit (17:0), tekli doymamış yağ asitlerinden; palmitoleik asit (16:1n-9) ve oleik asit (18:1n-9), çoklu doymamış yağ asitlerinden ise; linoleik asit (18:2n-6), linolenik asit (18:3n-3), araşidonik asit (20:4n-6) ve eikosapentaenoik asit (20:5n-3) olarak tespit edilmiştir.; ABSTRACT: In this study, total lipids and fatty acids components was determined among genera and species of the Hydrophilidae (Coleoptera) family (Helochares and Coelostoma) collected in Bingöl. The specimens have been collected from shallow areas of the various running water, springs, streams, ponds and hot springs, between May-June 2015 with the aid of sieve. Fatty acid components of insects was determined by gas chromatography (GCMS). It was determined as a result of this study the ratio of changes of the levels of ΣSFAs (Saturated Fatty Acids), ΣMUFAs (Monounsaturated fatty acids) and ΣPUFAs (Polyunsaturated Fatty Acids) among genus and species. Also, the total amount (%) of lipid species were identified according to gender. All of the analyzed sample was found to be in the range of the level of, ΣSFAs 23.87% - 40.79%, ΣMUFAs 21.6% - 53.20% and ΣPUFAs 14.29% - 27.35%. According to the gas chromatography results; it was determined that the main fatty acidswere myristic acid (14:0), pentadecanoic acid (15:0) palmitic acid (16:0), heptadecanoic acid (17:0) are in saturated fatty acids, palmitoleic acid (16:1n-7), oleic acid (18:1n-9) in monounsaturated fatty acids and linoleic acid (18:2n-6), linolenic acid (18:3n-3), arachidonic acid (20:4n-6), eicosapentaenoic acid (20:5n-3) in polyunsaturated fatty acids. Mon, 01 Jan 2018 00:00:00 GMT https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6299 2018-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6248 Zebra Balıklarında Deneysel Olarak Oluşturulan Edwardsiella Tarda Enfeksiyonu Üzerine Histopatolojik İncelemeler KALKAN, Hamza ÖZET: Bu araştırmada Edwardsiella tarda (E. tarda) ile deneysel enfeksiyon oluşturulan genç (bir aylık) zebra balıklarının organ ve dokularında oluşan histopatolojik değişiklikler histolojik teknik ve boyama yöntemleri kullanılarak ortaya konuldu. Bu amaçla, çalışmada, zebra balıklarına intraperitoneal (ip) enjeksiyon ve banyo şeklinde uygulanan eprüvasyon işlemi sonucunda balıklarda enfeksiyon oluşması sağlandı. Deneysel uygulamaya bağlı olarak balıkların organ ve dokularında şekillenen histopatolojik değişiklikler histolojik yöntem ve teknikler kullanılarak mikroskobik incelemeye hazır hale getirildi. Mikroskobik değerlendirme ile ip enjeksiyon ve immersiyon şeklinde yapılan uygulama sonucunda balıkların organ ve dokularındaki histopatolojik lezyonlar ışık mikroskobunda değerlendirildi, fotoğraflanması yapıldı ve gözlenen mikroskobik bulgular kayıt altına alındı. Mikroskobik incelemelerde 104 ve 105 (Colony Forming Units/mililitre) CFU/ml ip deneme gruplarında; peritonda fibrinöz yangı ile kanama, karaciğerde şiddetli konjesyon, hepatositlerde vakuolizasyon, solungaçlarda primer lamellalarda yer yer mononüklear hücre infiltrasyonu ile pilar hücrelerde dejenerasyon, kas doku içerisinde yaygın veya fokal mononüklear hücre infiltrasyonları, kaslarda yaygın dejenerasyon ve nekroz ile kanama alanları gözlenen önemli değişikliklerdi. 106 ve 107 CFU/ml immersiyon gruplarında ise diğer gruplara göre daha hafif şiddette karaciğerde konjesyon ve hepatositlerde vakuolizasyon, kaslarda dejenerasyon ve fokal nekroz alanları görüldü. Kontrol grubunda herhangi bir histopatolojik değişime rastlanılmadı. Sonuç olarak bu çalışmada; oluşturulan deneysel E. tarda enfeksiyonu sonucu ip gruptaki zebra balıklarında daha şiddetli lezyonlar şekillenirken immersiyon gruplarında daha hafif şiddette ve daha az oranda lezyonlar oluşmuştur. Çalışma süresince balıklardan sadece bir tanesinde ölüm gözlenmiş ve deneme boyunca balıklarda gözlenen histopatolojik lezyonlara rağmen ölümlerin çok nadir olarak şekillenmesi, zebra balıklarının E. tarda enfeksiyonuna karşı oldukça dirençli oldukları kanaatine varılmıştır.; ABSTRACT: In this study, the histopathological changes in the organ and tissues of juvenile zebra fish (one month age) experimentally infected with Edwardsiella tarda (E. tarda) were shown by using histologic technic and staining methods. For this reason, as a result of epruvation which was applied to zebra fish as intraperitoneal (ip) injection and immersion method, the infection development in the fish was provided. The histopathologic changes which were formed in the organ and tissues of the zebra fish realted to the experimental applications were made ready by using histological methods and techniques. As a result of ip injection and immersional applications via light microscopically evaluations, the lesions in the organs and tissues of the zebra fish were evaluated, were photographed and the observed microscopic findings were recorded. In microscopic examinations, in 104 - 105 (Colony Forming Units/mililiter) CFU/ml ip experimental groups the following important findings were observed: hemorrhage and fibrinous inflammation in peritonea, severe congestion in liver, vacuolization of hepatocyte, locally mononuclear cell infiltration in gills and primer lamellas and degeneration in pillar cells, diffused or local mononuclear cell infiltrations in muscular tissue, diffused degeneration and necrosis and hemorrhage areas in the muscles. Compared with other groups, in the immersion groups of 106 - 107CFU/ml, less severe congestion in livers, and vacuolization of hepatocytes, degeneration and focal necrosis areas in muscles were observed. In control group no histopathological changes were observed. As a result, related to the experimental infection of E. tarda in zebra fish, much severe lesions were formed in ip injected group while the lesions of immersion group were less severe and slight. During the study, only the death of one of the zebra fishes was observed and throughout the experiment the rare amount of death despite the observed histopathological lesions in fishes shows that zebra fish is rather resistant to the infection of E. tarda. Thu, 01 Jan 2015 00:00:00 GMT https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6248 2015-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6247 Parental Olaparib-Dirençli MCF7 Meme Kanseri Hücrelerinin Olaparib Yanıtında MUM1 Proteininin Etkisinin Araştırılması KİŞEÇOK, Çiğdem ÖZET: MUM1 (EXPAND1) proteininin DNA hasarına karşı hücre sağ-kalımını desteklediği gösterilmiştir. DNA hasarı durumunda, MUM1 proteininin tümör süppressör 53BP1 proteiniyle etkileşime girdiği ve neticede hasarlı kromatin bölgesinde toplanarak kromatin relaksasyonunu desteklediği bildirilmiştir. DNA hasarına uğrayan MUM1-inaktif hücrelerde ise defektif kromatin dekondensasyonu nedeniyle oluşan lezyonların biriktiği ve bu nedenle söz konusu hücrelerin genotoksik saldırılara daha hassas hale geldiği gösterilmiştir. Ayrıca, MUM1 protein seviyesinin klinikte başarılı sonuçlar sağlayan PARP inhibitör tedavi yanıtının tahmininde kullanılabilir bir biyobelirteç olabileceği ileri sürülmüştür. Projemizin amacı, PARP inhibitör tedavi yanıtının tahmin edilebilmesi için MUM1 ekspresyon seviyesinin parental ve olaparib dirençli kanser hücrelerinde prediktif bir biyobelirteç olarak kullanılabilir olup olmadığının araştırılmasıdır. Memeli hücre kültürü teknikleri ve MCF7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatları kullanılarak gerçekleştirdiğimiz çalışmalarda, MUM1 biyolojisinin normal şartlar altında ve eksojen DNA hasarı durumundaki fonksiyonel etkisi araştırıldı. Endojen olarak eksprese edilen hedef genlerin mRNA'ları RNA interferans teknolojisi kullanılarak susturuldu. Western blot analizleri gerçekleştirilerek siRNA manipülasyonları teyit edildi ve farklı protein ekspresyon düzeyleri araştırıldı. Kantitatif PCR tekniği kullanılarak MUM1-efektif ve defektif hücrelerdeki p53 ve p21 mRNA miktarları karşılaştırıldı. MUM1'in tekli veya PARP ile birlikte ikili inaktivasyonunun BRCA2-efektif veya defektif arka planlarda hücre canlılığına veya koloni sağ-kalımına olan etkileri in vitro sitotoksisite analizleriyle belirlendi. Sürekli seleksiyon tekniğiyle kullanılarak olaparib-dirençli MCF7 meme kanseri hücreleri geliştirildi ve MUM1 proteininin olaparib tedavisine olan katkısı değerlendirildi. Elde ettiğimiz sonuçlar, MUM1'in baskılandığı hücrelerde p53 ve p21 aktivelerinin geçici olarak arttığını ancak bu durumun hücre canlılığına ve koloni sağ-kalımına etki etmediğini gösterdi. MUM1 proteininin PARP inhibitör tedavisine karşı MDA-MB-231 meme kanseri hücre sağ-kalımını desteklediği, dolayısıyla MUM1 ekspresyonunun PARP inhibitör yanıtının tahmininde kullanılabilir bir biyobelirteç olabileceği belirlendi. Sonuç olarak projemiz, önemli bir DNA hasar yanıt faktörü olma potansiyeli taşıyan MUM1 proteininin daha kapsamlı araştırmaların yapılmasıyla prediktif bir biyogösterge olarak klinikte hasta stratifikasyonunda kullanılabilir olduğunu ortaya çıkarmıştır.; ABSTRACT: MUM1 (EXPAND1) protein was revealed to support cell survival against DNA damage. Upon DNA damage, MUM1 interacts with the tumour suppressor 53BP1 and consequently become recruited towards the damaged chromatin to support the chromatin relaxation. In response to DNA damage, the chromatin decondensation becomes defective in MUM1-deficient cells, which are therefore sensitised to genotoxic insults. In addition, a genome-wide screen identified MUM1 levels as a potential biomarker to predict the treatment response of PARP inhibitors that provide successful outcomes in the clinic. Our project aimed to investigate whether MUM1 levels can be used as a predictive biomarker of PARP inhibitor treatment. Mammalian cell culture was used to uncover the functional effect of MUM1 biology in cells with/without exogenous DNA damage. The RNA interference was utilised to knockdown the mRNA expression of target genes. siRNA manipulations were confirmed and different expression profiles were studied by Western blotting analysis. p53 and p21 mRNA levels in MUM1-effective and defective cells were analysed by quantitative PCR analysis. In vitro cytotoxicity analyses were conducted to assess the effect of inactivation of MUM1 alone or together with PARP on the cell viability and colony survival of BRCA-effective or defective cells. The results showed that p53 and p21 activations temporarily increased in cells with MUM1-knockdown, however, MUM1 deficiency did not affect the viability and clonogenic survival of cells compared to controls. Our experiments revealed that MUM1 supports MDA-MB-231 cell survival against PARP inhibition, suggesting MUM1 expression as a biomarker that can be used to predict PARP inhibitor response. As a result, our findings suggested that MUM1 protein might deserve future research to become a potential PARP inhibitor biomarker for patient stratification in the clinic. Sun, 01 Jan 2023 00:00:00 GMT https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6247 2023-01-01T00:00:00Z