https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/1367 Molecular Biology and Genetics 2026-11-11T14:56:52Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6496 Klor Dioksitin Buğday (Triticum aestivum L.) Bitkisinin Fizyolojik, Biyokimyasal ve Moleküler Süreçleri Üzerine Etkisi SEZER, Zeynep ÖZET: Bu çalışmada; farklı konsantrasyonlardaki klor dioksitin CIO2 (50, 100, 250,500 ve 1000 mg/L) Gerek 79 ve kızıltan buğday (Triticium aestevum L.) çeşitlerinin kök ve gövdeleri üzerine fizyolojik, biyokimyasal ve moleküler etkileri araştırılmıştır. Yapılan ön çalışmalardan sonra tüm parametrelerde 50 ve 100 mg/L CIO2 konsantrasyonları kullanılmıştır. Fizyolojik incelemeler ile bitkilerde oluşan çimlenme oranı, kök ve gövde uzunluğu ve yaş-kuru ağırlık oranları incelenmiştir. Biyokimyasal parametreler olarak lipit peroksidasyon oranı (MDA), reaktif oksijen türleri (H2O2, O2.-), antioksidan enzim aktiviteleri, α-amilaz enzim aktivitesi, element analizi (Na+,K+), moleküler parametre olarak ise SDS-PAGE analizleri incelenmiştir. Kullanılan CIO2 konsantrasyonları bitkilerin fizyolojik parametreleri üzerine herhangi bir inhibisyona neden olmamıştır. MDA miktarının her iki çeşidin köklerinde azalırken gövde de artmıştır. H2O2 miktarı Gerek 79 çeşidinin köklerinde değişmemiş gövde kısmında ise azalırken, kızıltan çeşidinin her iki kısmında da azalmıştır. O2.-. miktarı ise her iki çeşidin kök ve gövde kısımlarında artış göstermiştir. Her iki bitki çeşidinde α-amilaz ve peroksidaz (POD) enzimlerinin aktivitesi azalmıştır, süperoksit dismutaz (SOD) enziminde ise artış olmuştur. Katalaz (CAT) enziminde ise çeşit ve bitki kısmına da bağlı olarak bazı konsantrasyonlarda artış bazı konsantrasyonlarda ise azalma olmuştur. Element analizleri için Na/K miktarlarına bakılmıştır ve Na/K dengesinin korunduğu anlaşılmıştır. Hücresel protein analizleri için SDS-PAGE yöntemi kullanılmıştır ve her iki çeşitte de yeni bantlar oluşmuş, kızıltan çeşidinin gövde kısmında bantlar daha da belirginleşmiştir. Tüm bu sonuçlar birlikte değerlendirildiğinde ClO2’nin kullanılan konsantrasyonları buğday bitkisinde önemli bir inhibisyona neden olmadığı hatta fizyolojik parametrelerde iyileştirmeler yapmıştır.; ABSTRACT: In this study; the physiological, biochemical and molecular effects of different concentrations (50, 100, 250, 500 and 1000 mg/L) of chlorine dioxide (CIO2) on the roots and stems of Gerek-79 and Kızıltan varieties of wheat (Triticium aestevum L.) plants were investigated. After the preliminary studies, 50 and 100 mg/L CIO2 concentrations were used in all parameters. Germination rate, root and stem length and fresh-dry weight ratios of plants were investigated as physiological examinations. Biochemical parameters such as lipid peroxidation rate (MDA), reactive oxygen species (H2O2, O2-.), antioxidant enzyme activities (SOD, POD, CAT), α-amylase enzyme, elemental analysis (Na+,K+) and SDS-PAGE as molecular parameter analyzes were examined. The CIO2 concentrations used did not cause any inhibition on the physiological parameters of the plants. The amount of MDA decreased in the root part of both cultivars but increased in the stem. While the amount of H2O2 did not change in the root part of Gerek variety, it decreased in the stem, it decreased in both the root and the stem of the Kızıltan variety. The amount of O2-. Increased in the root and stem parts of both varieties. In both cultivars, the activity of α-amylase and POD enzymes decreased, while there was an increase in SOD enzyme. In CAT enzyme, there was an increase in some concentrations and a decrease in some concentrations. For element analysis, Na/K amounts were checked and it was understood that the Na/K balance was preserved. SDS-PAGE method was used for cellular protein analysis and new bands were formed in both plants, and the bands became more evident on the stem part of the Kızıltan variety. When all these results are evaluated together, ClO2 did not cause a significant inhibition in wheat plant and even improved physiological parameters. 2021-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6468 Yeşil Sentez Yöntemi ile Hazırlanmış Kahve Posası-Gümüş Nanopartiküllerinin (Kp@Agnp) Kitosan ile Nanojel Haline Getirilmesi ve Shsy-5y Hücre Hattında H2o2 ile Oluşturulmuş Hücresel Dejenerasyonda Oksidan ve Antioksidan Seviyeleri Üzerine Etkisinin Belirlenmesi AKIN, Berat ÖZET: Nörodejeneratif hastalıkların gelişiminde oksidatif stresin önemli bir rol oynaması nedeniyle, biyouyumlu ve çevre dostu nanomalzemelerin geliştirilmesi güncel araştırma alanları arasında yer almaktadır. Bu çalışmada, kahve posası ekstraktı kullanılarak yeşil sentez yöntemi ile gümüş nanopartikülleri (KP@Ag NPs) sentezlenmiş ve elde edilen nanopartiküller kitosan/tripolifosfat (TPP) esaslı nanojel sistemine yüklenerek CS@KP@Ag nanojel formülasyonu geliştirilmiştir. Sentezlenen nanopartiküller ve nanojel sisteminin fizikokimyasal özellikleri UV-Vis spektrofotometrisi, FT-IR, LC-MS/MS, dinamik ışık saçılımı (DLS), zeta potansiyeli, taramalı elektron mikroskobu (SEM) ve enerji dağılımlı X-ışını spektroskopisi (EDX) analizleri ile karakterize edilmiştir. Biyolojik etkinlik çalışmaları, H₂O₂ ile oksidatif stres oluşturulan SH-SY5Y insan nöroblastoma hücre hattında gerçekleştirilmiş; hücre canlılığı WST yöntemi ile değerlendirilirken toplam antioksidan seviye (TAS) ve toplam oksidan seviye (TOS) analizleri ile antioksidan etkinlik araştırılmıştır. Karakterizasyon sonuçları, gümüş nanopartiküllerinin başarıyla sentezlendiğini ve nanojel matrisi içerisine etkin şekilde yüklendiğini göstermiştir. Ayrıca CS@KP@Ag nanojel uygulamasının oksidatif stres koşullarında hücre canlılığını artırdığı, toplam antioksidan seviyesini yükselttiği ve toplam oksidan seviyesini azalttığı belirlenmiştir. Sonuç olarak, kahve posasının katma değerli bir biyomateryale dönüştürülmesiyle geliştirilen CS@KP@Ag nanojel sisteminin başarılı fizikokimyasal özelliklere sahip olduğu, oksidatif strese karşı nöroprotektif potansiyel taşıdığı ve biyomedikal ile farmasötik uygulamalarda kullanılabilecek çevre dostu ve umut vadeden bir nano-taşıyıcı sistem olduğu değerlendirilmiştir.; ABSTRACT: Oxidative stress plays a critical role in the development of neurodegenerative diseases, making the development of biocompatible and environmentally friendly nanomaterials an important area of research. In this study, silver nanoparticles (KP@Ag NP) were synthesized using a green synthesis approach with spent coffee ground extract, and the synthesized nanoparticles were incorporated into a chitosan/tripolyphosphate (TPP)-based nanogel system to develop a CS@KP@Ag nanogel formulation. The physicochemical properties of the synthesized nanoparticles and nanogel system were characterized using UV-Vis spectroscopy, Fourier-transform infrared spectroscopy (FT-IR), liquid chromatography–tandem mass spectrometry (LC-MS/MS), dynamic light scattering (DLS), zeta potential analysis, scanning electron microscopy (SEM), and energy-dispersive X-ray spectroscopy (EDX). The biological activity of the developed formulation was evaluated in H₂O₂-induced oxidative stress model using the SH-SY5Y human neuroblastoma cell line. Cell viability was determined by the WST assay, while antioxidant activity was assessed by measuring total antioxidant status (TAS) and total oxidant status (TOS). Characterization results confirmed the successful synthesis of silver nanoparticles and their efficient incorporation into the nanogel matrix. Furthermore, treatment with the CS@KP@Ag nanogel significantly increased cell viability under oxidative stress conditions, enhanced total antioxidant status, and reduced total oxidant status. These findings suggest that the developed CS@KP@Ag nanogel effectively alleviates oxidative stress-induced cellular damage and exhibits promising neuroprotective potential. In conclusion, the CS@KP@Ag nanogel, developed by valorizing spent coffee grounds into a value-added biomaterial, possesses favorable physicochemical properties and demonstrates considerable biological activity, indicating its potential as an environmentally friendly and promising nanocarrier system for future biomedical and pharmaceutical applications. 2026-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6418 Akciğer Kanseri Tedavisinde KAN0438757 ve Resveratrol Kombinasyonunun Programlı Hücre Ölümü Üzerine Olan Etkisi SARUHAN, Seher ÖZET: Akciğer kanseri, dünya çapında birçok kanser arasında en sık görülen kanser türüdür. PFKFB3, glikoliz sürecinde önemli role sahip bir enzimdir. Sahip olduğu yüksek kinaz/fosfataz oranı ile (740:1) kanser hücrelerinde önemli bir hedef olarak kabul edilmektedir. Bu bağlamda yapılan çalışmalar ışığında geliştirilen PFKFB3 hedefli PFK-158 küçük molekül inhibitörü ile solid tümör hastalarında faz I klinik çalışmalar gerçekleştirilmiştir. Söz konusu çalışmaların neticesinde, PFKFB3’ü hedefleyen, daha etkin bir küçük molekül inhibitörlerinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Yakın zaman önce ortaya çıkan KAN0438757 inhibitörü, normal hücrelere zarar vermeden transforme hücrelerde çoğalmayı inhibe ettiği bildirilmiştir. Resveratrol bileşiği üzüm, kırmızı şarap, yer fıstığı, asma yapraklarında bulunur ve patojenler bitkilere saldırdığında ve yaralandığında bitkiler tarafından üretilir. Ayrıca resveratrol antikanser etkilere sahiptir ve hücre büyümesi, inflamasyon, apoptoz, metastaz ve anjiyogenezi kontrol ederek çeşitli sinyal iletim yollarını etkileyerek kanserin tüm evrelerini etkilemektedir. Bu çalışmada, resveratrol ve KAN0438757 kombinasyonunun, hücre proliferasyonu, hücre ölümü, mitokondriyal membran potansiyeli, hücre göçü ve programlı hücre ölümü biyobelirteçleri üzerine etkilerinin belirlenmesi amaçlanmaktadır. Elde edilen veriler ile resveratrol ve KAN0438757 kombinasyon tedavisinin hücre canlılığını önemli ölçüde inhibe ettiği ve hücre proliferasyonunu azalttığı gösterilmiştir. Aynı zamanda kombinasyon tedavisi ile hücre göçünün engellendiği ve hücrelerin programlı hücre ölümü ile apoptoza gittiği tespit edilmiştir. Elde edilen bu veriler, resveratrolün, KAN0438757’nin etkinliğini arttırdığını ortaya koymaktadır.; ABSTRACT: Lung cancer is the most common type of cancer among many cancers worldwide. PFKFB3 is an enzyme that has an important role in the glycolysis process. With its high kinase/phosphatase ratio (740:1), it is considered an important target in cancer cells. Phase I clinical studies were carried out in solid tumor patients with the PFKFB3-targeted PFK-158 small molecule inhibitor, which was developed in the light of the studies conducted in this context. As a result of these studies, it was aimed to develop more effective small molecule inhibitors targeting PFKFB3. The recently emerged inhibitor KAN0438757 has been reported to inhibit proliferation in transformed cells without harming normal cells. Resveratrol compound is found in grape, red wine, peanut, vine leaves and is produced by plants when pathogens attack and injure plants. In addition, resveratrol has anticancer effects and affects all stages of cancer by affecting various signal transduction pathways by controlling cell growth, inflammation, apoptosis, metastasis and angiogenesis. In this study, it is aimed to determine the effects of resveratrol and KAN0438757 combination on cell proliferation, cell death, mitochondrial membrane potential, cell migration and programmed cell death biomarkers. With the obtained data, it has been shown that resveratrol and KAN0438757 combination therapy significantly inhibited cell viability and reduced cell proliferation. At the same time, it was determined that cell migration was inhibited by combination therapy and cells went to apoptosis with programmed cell death. These data reveal that resveratrol increases the effectiveness of KAN0438757. 2022-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6417 Investigation of the Effect of Reduced MOB2 Expression on the Olaparib Response of PARP1/2 Inhibitor-Resistant Cancer Cells AÇIKGÖZ, Sıdıka ABSTRACT: PARP enzymes play significant roles in various cellular processes, including DNA single-strand break repair. Inhibition of PARP activity results in the accumulation of DNA single-strand breaks, which are eventually converted to DNA double-strand breaks, especially during DNA replication. Cells with deficient homologous recombination DNA double-strand break repair pathway are hypersensitive to PARP inhibitors due to deleterious accumulation of DNA breaks. Although several PARP inhibitors have been effectively used in the clinic, PARP inhibitor resistance that ultimately develops in most patients limits clinical success. Therefore, identification of pharmacologically important cellular targets and predictive biomarkers may ameliorate the current treatment strategies with PARP inhibitors. hMOB2 protein is a potential DNA damage response regulator that supports homologous recombination repair mechanism. hMOB2-defective cancer cells, thus, become sensitive to PARP inhibition. In this research, it was investigated whether hMOB2 deficiency may also render PARP inhibitor-resistant cancer cells selectively sensitive towards PARP inhibition. Mammalian cell culture and various molecular biology techniques were used to dissect our research questions. U2OS osteosarcoma cancer cells and olaparib, a potent PARP inhibitor widely used in the clinic, were employed in our experiments. U2OS cells were subjected to continuously increased doses of olaparib to establish PARP inhibitor-resistant clones (U2OS/PIR cells). Interestingly, p21 protein levels were dramatically elevated in U2OS/PIR cells compared to parental counterparts, although no difference was observed in p53 and hMOB2 expressions. Notably, hMOB2 silencing significantly reduced the survival of U2OS/PIR cells in the absence of olaparib. Dual inhibition of hMOB2 and PARP activities further sensitized resistant cancer cells towards olaparib treatment. Taken together, our experiments revealed that, against PARP inhibition, hMOB2 protein is likely to be an important factor that supports not only parental cells but also PARP inhibitor-resistant cells to survive.; ÖZET: PARP enzimleri DNA tek zincir kırık onarımı dahil olmak üzere çok sayıda hücresel süreçte rol oynamaktadır. PARP aktivitesinin inhibisyonu, özellikle DNA replikasyonu esnasında DNA çift zincir kırıklarına dönüşen DNA tek zincir kırıklarının birikmesine neden olur. Homolog rekombinasyon DNA çift zincir onarım yolağından yoksun olan kanser hücreleri, DNA kırıklarının tehlikeli birikimlerinden dolayı PARP inhibisyonuna karşı yüksek hassasiyet kazanmaktadır. Çeşitli PARP inhibitörleri klinikte etkili bir şekilde kullanılmasına rağmen, neticede çoğu hastada gelişen PARP inhibitör direnci klinik başarıyı sınırlandırmaktadır. Bu nedenle, farmakolojik olarak önem arz eden çeşitli hücresel hedeflerin ve prediktif biyobelirteçlerin tanımlanması, PARP inhibitörleriyle gerçekleştirilen güncel tedavi stratejilerini güçlendirebilir. hMOB2 proteini, homolog rekombinasyon onarım mekanizmasını destekleyen potansiyel bir DNA hasar yanıt regülatörüdür. Bundan dolayı, hMOB2-defektif kanser hücreleri PARP inhibisyonuna karşı hassas hale gelmektedir. Bu araştırmada, hMOB2 işlevsizliğinin, PARP inhibitör tedavisine dirençli kanser hücrelerini de PARP inhibisyonuna karşı hassas hale getirip getirmeyeceği araştırıldı. Araştırma sorularımızın test edilmesi için memeli hücre kültürü ve çeşitli moleküler biyoloji teknikleri kullanıldı. Deneylerimizde, U2OS osteosarkoma kanser hücreleri ve klinikte yaygın bir şekilde kullanılan PARP inhibitörü olaparib kullanıldı. PARP inhibitörüne dirençli klonların (U2OS/PIR) oluşturulması amacıyla U2OS hücreleri sürekli olarak artan dozlarda olaparib tedavisine maruz bırakıldı. hMOB2 ve p53 ekspresyonlarında bir fark gözlenmemesine rağmen, ilginç bir şekilde, parental hücrelere kıyasla, U2OS/PIR hücrelerinde p21 protein miktarının önemli oranda arttığı gözlendi. Azalan hMOB2 ifadesinin, olaparib tedavisi uygulanmaksızın U2OS/PIR hücrelerinin sağ-kalımını azalttığı belirlendi. hMOB2 ve PARP aktivitelerinin ikili inhibisyonunun, dirençli kanser hücrelerini olaparib tedavisine karşı daha hassas hale getirdiği ortaya çıkarıldı. Sonuç olarak, gerçekleştirdiğimiz deneyler PARP inhibisyonuna karşı, hMOB2 proteininin sadece parental hücrelerin değil aynı zamanda PARP inhibitörüne dirençli kanser hücrelerinin de sağ-kalımını destekleyici bir faktör olabileceğini göstermiştir. 2021-01-01T00:00:00Z