https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/1360 Biology Fri, 10 Apr 2026 08:27:10 GMT 2026-04-10T08:27:10Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6051 Determination of Saccharomyces Cerevisiae Resistant to PCM Obtained By İnverse Metabolic Strategy and Trans-Effect of its Metabolites on PC3 TARTIK, Musa ABSTRACT: Cancer is a chaotic disease to treat, because of the cell variety and the multiplicity of intracellular pathways that are a major problem to find a simple and definitive solution. Furthermore, in order to investigate an accurate remedy to cancer, it is necessary to know the entire metabolism in detail, but the current level of knowledge and technology are not sufficient for that. Thus, it is required alternative approaches to struggle with cancer-like diseases. In this study; we aimed to use a natural strategy, which is based on to obtain the mutant strain of S.cerevisiae by an in vivo evolutionary engineering, which is able to easily grow in prostate cancer cells (PC3) environment. In addition, the counter effect of DMEMs (Dulbecco's Modified Eagle Medium), fermented with these individual mutants and WT (Wild Type) yeasts, in PC3 cells were assessed by several molecular assays such as cell growth, oxidative injury, cell migration and apoptosis related gene expressions. Evolutionary engineering was applied to WT yeast population, which has the bad growth fitness in PCM (DMEM cultured with PC3 cells). The population treated with a chemical mutagen, EMS (Ethyl Methane Sulfonate), to randomly generate a variety of genetic phenotypes. The best individual mutants with PCM-resistant phenotype were selected with genetic stability assays applied. Additionally, the selected mutants and WT were separately cultivated in DMEM until logarithmic phase to gain a fermented medium. In order to clarify the effects of each DMEM cultured with mutant and WT yeasts (WT-DM, MP-DM, and MY-DM) in PC3 culture were examined by measuring oxidative damage, apoptotic index, cell migration and gene expression assays. According to the findings of the present study, the growth fitness of mutant yeasts dramatically increased in PCM, which compared to WT. Therefore, the randomly EMS-mutagenized population probably consists of the desired colonies that can normally grow in PCM. This study further displayed that WT-DM, MP-DM, and MY-DM significantly decreased cell growth by inducing apoptosis in PC3 cell culture. However, MP-DM increased apoptotic index whereas it was downregulated the expression of apoptotic genes. Unlike WT-DM and MP-DM; MY-DM simultaneously activated many molecular pathways, for instance, elevated ROS production, suppressed cell migration and upregulation of apoptotic gene expressions, to promote apoptosis in PC3 cells. As a conclusion, in order to alter the situation that is the restricted growth of WT in PCM, the current study was successfully applied evolutionary engineering strategies to obtain the desired phenotypes (MY2 and MP2). Moreover, the results indicated that WT-DM and MP-DM, MY-DM include various effective metabolites to induce apoptosis in PC3 cells.; ÖZET: Kanser, kaotik bir rahatsızlıktır, çünkü hücre çeşitliliği ve hücre içindeki yolakların çokluğu, basit ve kesin bir çözüm bulmayı zorlaştırır. Dahası, kansere karşı kesin bir çare bulmak için, metabolizmanın tamamını ayrıntılı olarak bilmek gerekiyor, ancak mevcut bilgi ve teknoloji seviyesi bunun için yeterli değil. Bu nedenle kanser benzeri hastalıklarla mücadele için alternatif yaklaşımlar gereklidir. Bu çalışmada amacımız doğal bir strateji olan evrimsel mühendislik yöntemi ile prostat kanser hücrelerinin kültürlendiği ortamda, kolayca büyüyebilen S. cerevisiae mutant suşu elde etmektir. Buna ek olarak, elde edilen mutant ve WT (doğal şuş) mayalar, DMEM ortamında kültürlenerek fermente besiyerileri elde edildi. Böylece bu fermente DMEM’lerin PC3 hücreleri üzerindeki karşı etkileri oksidatif hasar, hücre göçü, gen ifadesi ve hücre büyümesi gibi birkaç moleküler yöntemle değerlendirildi. Evrimsel mühendislik yaklaşımı, PCM ortamında (PC3 hücreleriyle kültürlenmiş DMEM) iyi büyüyemeyen WT maya popülasyonuna uygulanmıştır. Başlangıç popülasyonunda çeşitlilik oluşturmak için bir kimyasal mutajen olan EMS (Etil metansülfonat) rastgele mutasyon oluşturmak için kullanıldı. Genetik kararlık testleri kullanılarak, PCM'ye dirençli fenotip gösteren en iyi bireysel mutantlar belirlendi. Daha sonra, seçilen mutantlar ve WT, mayalanmış bir ortam elde etmek için logaritmik faza kadar ayrı ayrı DMEM'de büyütüldü. MY2, MP2 ve WT ile mayalanmış DMEM’lerin (WT-DM, MP-DM and MY-DM), PC3 hücreleri üzerindeki etkisini anlamak için oksidatif hasar, apoptotik indeks, hücre göçü ve gen ekspresyon testleri uygulandı. Mevcut çalışmaya göre, evrimsel mühendislikle elde edilen mutant mayaların PCM içindeki büyüme becerisi, WT'ye kıyasla, bariz olarak arttı. Bu çalışma ayrıca, WT-DM, MP-DM ve MY-DM'nin PC3 hücre kültüründe apoptozu indükleyerek hücre büyümesini önemli ölçüde azalttığını göstermiştir. Bununla birlikte, MY-DM; WT-DM ve MP-DM'den farklı olarak, PC3 hücrelerinde apoptozu teşvik etmek için birçok moleküler yolu aynı anda aktive etti. Örneğin artan ROS üretimi, azalan hücre göçü ve apoptotik gen ifadelerinin artan regülasyonu. Diğer yandan ise, MP-DM apoptotik indeksi artırırken, apoptotik gen ekspresyonunu azaltmıştır. Sonuç olarak, mevcut çalışmada PCM'de kısıtlı büyüyen WT yerine, MY2 ve MP2 mutantları başarılı bir şekilde elde edilmiştir. Ayrıca, WT-DM ve MP-DM, MY-DM'nin PC3 hücrelerinde apoptozu uyaran çeşitli etkili metabolitleri içerdiğini de gösterdi. Mon, 01 Jan 2018 00:00:00 GMT https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6051 2018-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6024 Sultamisilin ve Sefuroksim Aksetil Antibiyotiklerinin Gökkuşağı Alabalığı Gonad Hücre Hattı-2 (RTG-2) Üzerine Sitotoksik ve Apoptotik Etkilerinin İncelenmesi TUZCUOĞLU, Enes ÖZET: Bu çalışmada, Sucul ekosistemde yoğun şekilde karşılaşılmaya başlanan antibiyotiklerden Sultamisilin ve Sefuroksim Aksetil’in gökkuşağı alabalığı gonad hücre hattı (RTG-2) üzerine sitotoksik ve apoptotik etkileri incelendi. Çalışma sonucunda, RTG-2 hücre hattına 48 saat 3,125, 6,25, 12,5, 25, 50 ve 100 μM Sultamisilin ve Sefuroksim Aksetil dozlarından uygulanarak IC50 konsantrasyonları belirlendi. Bu dozların uygulanmasından sonra Sultamisilin’in IC50 değeri 22,80 ± 1,72 ve Sefuroksim Aksetil’in IC50 değeri 31,33 ± 0,95 μM olarak hesaplandı. Apoptotik etkilerin belirlenmesi içinde western blot tekniği kullanıldı. Bu amaçla apoptoz düzenleyici proteinler olan p53 ve BCL2 protein kullanıldı. Çalışma sonucunda, Sultamisilin ve Sefuroksim Aksetil’in kontrol grubu ile karşılaştırıldığında p53 protein seviyesini yükselttiği, BCL2 seviyesini ise düşürdüğü görüldü. Elde edilen sonuçlar, Sultamisilin ve Sefuroksim Aksetil’in balıklar için çok düşük seviyelerinin bile zararlı olabileceği ve balıklarda apoptotik etkilere yol açabileceğini göstermiştir.; ABSTRACT: In this study, the cytotoxic and apoptotic effects of sultamicillin and cefuroxime axetil, antibiotics frequently encountered in the aquatic ecosystem, were investigated on the rainbow trout gonadal cell line (RTG-2). As a result of the study, IC50 concentrations were determined by applying 3.125, 6.25, 12.5, 25, 50 and 100 μM Sultamicillin and Cefuroxime Axetil doses to the RTG-2 cell line for 48 hours. After the application of these doses, the IC50 value of sultamicillin was calculated as 22.80 ± 1.72, and the IC50 value of cefuroxime axetil was calculated as 31.33 ± 0.95 μM. Western blot technique was used to determine apoptotic effects. For this purpose, the apoptosis-regulating proteins p53 and BCL2 were used. The study showed that sultamicillin and cefuroxime axetil increased p53 protein levels and decreased BCL2 levels compared to the control group. The results obtained indicated that even very low levels of sultamicillin and cefuroxime axetil may be harmful to fish and may cause apoptotic effects in fish. Wed, 01 Jan 2025 00:00:00 GMT https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6024 2025-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6021 Ohi Deresi Vadisi ve Çevresi (Karakoçan/Elazığ) Florası GÜLBASAN, İbrahim Halil ÖZET: Elazığ’ın Karakoçan ilçesinde bulunan Ohi Deresi Vadisi ve çevresinden 2022-2025 yılları arasında yapılan arazi çalışmalarıyla 2005 bitki örneği toplanmış olup bu örneklerin değerlendirilmeleri sonucunda 87 familya ve 397 cinse ait toplam 910 takson (763’ü tür, 122 alttür ve 25 varyete) belirlenmiştir. 910 taksonun 2’si Pteridophyta (Eğreltiler bölümü), 908’i ise Magnoliophyta (Tohumlu bitkiler) bölümlerine aittir. Tohumlu bitkilerden 5’i açık tohumlu (Gymnospermae), 903’ü ise kapalı tohumlu (Angiospermae) alt bölümüne dahildir. Kapalı tohumlu taksonların 137’si tek çenekli (Monocotyledones), 766’sı ise çift çeneklidir (Dicotyledones). Araştıma sahasında tespit edilen bazı taksonlar bilim dünyası için yeni (Vicia freyniana Bornm. subsp. gigantea Behçet ve Gülbasan, Allium karakocanense Behçet ve Gülbasan ve Polygonum elazigense Behçet ve Gülbasan) olarak belirlenmişlerdir. Araştırma sahasında yayılışı belirlenen taksonların fitocoğrafik bölgelere dağılımı şu şekildedir: İran-Turan fitocoğrafik bölge elementi 246 (%27,03), Akdeniz elementi 70 (%7,69), Avrupa-Sibirya elementi 61 (%6,70) ve fitocoğrafik bölgesi bilinmeyen veya çok bölgeli olan taksonların sayısı 533 (%58,57). En fazla taksona sahip ilk 10 familya sıralaması; Asteraceae 103 (%11,31), Fabaceae 100 (%10,99), Poaceae 62 (%6,81), Lamiaceae 51 (%5,60), Apiaceae 49 (%5.38), Caryophyllaceae 49 (%5,38), Brassicaceae 46 (%5,05), Rosaceae 42 (%4,61), Boraginaceae 32 (%3,51) ve Plantaginaceae 25 (%2,74) şeklindedir. Çalışma sahamızda yayılışı belirlenen bitkilerin dahil olduğu cinsler bakımından en fazla üyeye sahip ilk 10 cins dağılımı şu şekildedir; Trifolium 20 (%2,19), Astragalus 17 (%1,86), Allium 16 (%1,75), Vicia 15 (%1,64), Veronica 14 (%1,53), Ranunculus 12 (%1,31), Centaurea 11 (%1,20), Galium 10 (%1,09), Silene 10 (%1,09) ve Medicago 10 (%1,09). Araştırma bölgesinden toplanan 82 taksonun bilinen özelliklerinden farklı bazı varyasyonları bu çalışma ile ortaya konmuştur. 105 taksonun B8 karesindeki yayılışı ilk kez bu çalışma ile belirlendi. Araştırma alnından tespit edilen 77 taksonun (46’sı endemik, 31’i endemik olmayan), IUCN tehlike kategorileri dağılımları şu şekildedir: CR (6 takson), EN (5 takson), VU (18 takson), NT (7 takson), LC (35 takson) ve DD (6 takson).; ABSTRACT: During field studies carried out between 2022 and 2025, 2005 plant samples were collected from the Ohi stream valley and its surroundings in the Karakoçan district of Elazığ, and as a result of the evaluation of these samples, a total of 910 taxa (763 species, 122 subspecies and 25 varieties) belonging to 87 families and 397 genera were determined. 2 of the 910 taxa belong to the Pteridophyta (Ferns) section, and 908 belong to the Magnoliophyta (Seed plants) section. Of the seed plants, 5 belong to the gymnospermae subdivision, and 903 belong to the closed seed (Angiospermae) subdivision. Of the angiosperm taxa, 137 are monocotyledonous (Monocotyledones) and 766 are dicotyledonous (Dicotyledones). Some taxa identified in the research area were determined as new to the scientific world (Vicia freyniana Bornm. subsp. gigantea Behçet and Gülbasan, Allium karakocanense Behçet and Gülbasan and Polygonum elazigense Behçet and Gülbasan). The distribution of taxa, whose distribution was determined in the research area, to phytogeographic regions is as follows: 246 (27.03%) Iran-Turanian phytogeographic region elements, 70 (7.69%) Mediterranean element, 61 (6.70%) Europe-Siberian element and the number of taxa with unknown or multi-regional phytogeographic region is 533 (58.57%). The top 10 families with the most taxa are; Asteraceae 103 (11.31%), Fabaceae 100 (10.99%), Poaceae 62 (6.81%), Lamiaceae 51 (5.60%), Apiaceae 49 (5.38%), Caryophyllaceae 49 (5.38%), Brassicaceae 46 (5.05%), Rosaceae 42 (4.61%) Boraginaceae 32 (3.51%) and Plantaginaceae 25 (2.74%). The distribution of the top 10 genera with the highest number of members in terms of the genera included in the plants whose distribution was determined in our study area is as follows; Trifolium 20 (2.19%), Astragalus 17 (1.86%), Allium 16 (1.75%), Vicia 15 (1.64%), Veronica 14 (1.53%), Ranunculus 12 (1.31%), Centaurea 11 (1.20%), Galium 10 (1.09%), Silene 10 (1.09%) and Medicago 10 (1.09%). Some variations of known characteristics of 82 taxa collected from the study area were revealed in this study. The distribution of 105 taxa in square B8 was determined for the first time in this study. The distribution of IUCN threat categories of 77 taxa (46 endemic, 31 non-endemic) identified in the research area is as follows: CR (6 taxa), EN (5 taxa), VU (18 taxa), NT (7 taxa), LC (35 taxa) and DD (6 taxa). Wed, 01 Jan 2025 00:00:00 GMT https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6021 2025-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/5968 Murat Nehri ve Kollarında Yaşayan Alburnus Mossulensis (Heckel, 1843) (Musul İnci Balığı)'in Helmint Faunasının Mevsimsel Dağılımı TUNÇ, Ali Ömer ÖZET: Bu çalışmada Murat Nehri (Bingöl, Türkiye)‘indeki Musul İnci Balığı (Alburnus mossulensis) helmintlerinin parazitlik enfeksiyonunun belirlenmesi amaçlanmıştır. Ocak 2015 - Mart 2016 tarihleri arasında incelenen 182 balık örneğinde 12 farklı parazit türünden toplam 970 metazoan parazit bireyi kaydedilmiştir. Bu parazitlerden sırasıyla Monogenea‘dan altı tür (Dactylogyrus holciki, Dactylogyrus lenkorani, 25 adet Dactylogyrus alatus, 4 adet Dactylogyrus vistulae, Gyrodactylus sp.ve Paradiplozoon homoion), Digenea‘dan bir tür (Diplostomum spathaceum), Cestoda‘dan iki tür (Caryophyllaeus laticeps, Ligula intestinalis), Nematoda‘dan bir tür (Rhabdochona denudata), Hirudinea‘dan bir tür (Piscicola geometra), ve Copepoda‘dan bir tür (Eergasilus sieboldi) kaydedilmiştir. Bu parazit örneklerinin prevalenslarının sırasıyla en yüksek değerden en düĢük değere doğru; E. sieboldi (%34,6), D. spathaceum (%33), P. homoion (%19,8), D. holciki (%12,1), C. laticeps(%7,1) D. alatus (%6,6), D. lenkorani (%4,9), R. denudata (%4,9), Gyrodactylus sp. (%3,8), P. geometra (%1,6), D. vistulae (%1,1) ve L. intestinalis (0,5%) olarak hesaplanmıĢtır. Bu parazitlerden D. lenkorani, D. vistulae ve C. laticeps A. mossulensisiçin ilk kayıt olurken, D. holciki ise Türkiye tatlı su balık parazitleri için ilk kayıt olmaktadır.; ABSTRACT: This study was conducted to determine the seasonal distribution of helminthes parasitic infections of Bleak (Alburnus mossulensis) in Murat River in Eastern Anatolia, Turkey. A total of 182 host fish were investigated, from January 2015 to March 2016. There were 970 metazoan parasites from 12 different parasites species recorded in collected samples. Six species of Monogenea (Dactylogyrus holciki, Dactylogyrus lenkorani, Dactylogyrus alatus, Dactylogyrus vistulae, Gyrodactylus sp., and Paradiplozoon homoion), one species of Digenea (Diplostomum spathaceum), two species of Cestoda (Caryophyllaeus laticeps, Ligula intestinalis), one species of Nematoda (Rhabdochona denudata), one species of Hirudinea (Piscicola geometra), and one species of Copepoda (Eergasilus sieboldi) observed respectively. According to their prevalence; E. sieboldi (34.6%), D. spathaceum (33%), P. homoion (19.8%), D. holciki (12.1%), C. laticeps (7.1%) D. alatus (6.6%), D. Lenkorani (4.9%), R. denudata (4.9%), Gyrodactylus sp. (3.8%), P. geometra (1.6%), D. vistulae (1.1%) and L. intestinalis (0.5%) were calculated. Among these parasites D. holciki, D. lenkorani, D. vistulae and C. laticepsare the first record on Bleak (A. mossulensis) and D. holciki isthe first record for Turkey freshwater fish parasites. Sun, 01 Jan 2017 00:00:00 GMT https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/5968 2017-01-01T00:00:00Z