https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/1360 Biology 2026-07-10T15:18:50Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6204 Selective Isolation, Identification and Molecular Characterization of Streptomyces Species From Soil of Sulaimani Province, North of Iraq QADIR, Miran Hussein ABSTRACT: In this study, a total 32 soil samples collected from Pshdar and Ranya sites which are districts in Sulaimani governorate, Kurdistan Region of Iraq. The samples were subject to isolation of actinomycetes genera and streptomyces bacteria. Initially, physicochemical parameters of soil samples were measured and then selective media raffinose-histidine agar supplemented with cycloheximide and nystatin, and starch-casein agar plates supplemented with same antifungal antibiotics and novobiocin, were used to isolate Streptomyces strains from soil samples. In total, 164 streptomycetes were isolated from the soil samples and were de-replicated manually based on: aerial spore mass, colony reverse and diffusible pigment colours formed on oatmeal agar, and their capacity to produce melanin pigments on peptone yeast extract iron agar. Using numerical analysis method, 40 diagnostic tests were carried out on 20 representative test strains of the colour groups; the samples were assigned into 10 clusters. In general, the clusters of isolates delineated in the dendrogram generated using the distances were found to match those obtained by manual colour-grouping of the isolates. The implications of the computer-assisted colour-grouping method for ecological studies are important. For phylogenetic analysis, 16S rDNA genes of 20 test strains were amplified with 2 universal primers after extraction of genomic DNA and then sequenced; however, only 18 of them were successfully sequenced. These representative 18 test strains were subject to phylogenetic analysis of DNA sequence of 16S rDNA and 11 out of 18 test strains were identified as Streptomyces species while 3 of them identified as Amycolatopsis species; they were Amycolatopsis umgeniensis UM16 and Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322. Two test strains were identified as Nocardia species and they were Nocardia ignorata DSM 44496 and Nocardia rhamnosiphila NRRL B-24637. The other two test strains were identified as Lentzea flaviverrucosa AS4.0578 species. Out of the 11 strptomyces; 4 were S. anulatus, 4 were S. fulvissimus, 2 were S. lateritius, and 1 was S. atrovirens. A reasonable linear correlation was found between the colour-group, and corresponding dendogram that was generated after analysis of base sequence of 16S rDNA genes. Also, chemotaxonomic studies, sugar analysis and diaminopimelic acid (DAP) analysis, on 4 test strains of representatives from phylogenetic dendogram were more or less in agreement with the result of phylogenetic analysis and numerical analysis of test strains, and these are supported by previous studies. The data indicates that the K02008 (13K) and K20134 (4K) which were isolated should be recognized as new species in the genus Amycolatopsis, because they are 99,15% similar to Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322(T). Also, K18126 (6K), and K21147 (16K) that were isolated should be recognized as new species in the genus Lentzea, since they are 99,15% similar to Lentzea flaviverrucosa AS4.0578(T). However, all these new isolated species mentioned should be further studies using DNA-DNA hybridization of the strains with nearest type strain.; ÖZET: Bu çalışmada, Irak’ın Süleymaniye vilayetinin Pshdar ve Ranye bölgesinde toplanan 32 toprak numunesinden actinomycetes cinsleri ve Streptomyces cinsine ait bakteriler izole etmek amaçlandı. Başlangıçta toprak numunelerinin fizikokimyasal parametreleri ölçüldü ve ondan sonra Streptomyces suşlarını izole etmek için içerisine cycloheximide ve nystatine içeren nişasta-kazein agar ve yine içerisine cycloheximide, nystatine ve novobiocin antibiyotikleri eklenmiş raffinoz-histidin agar içeren petri kutularına ekim yapıldı. Toprak numunelerinde izole edilen toplam 164 Streptomyces suşu oatmeal agar besiyerinde havasal ve substrat miselyum spor renkleri, diffüziye pigment rengi ve ayrıca pepton-yeast agar besi ortamında melanın pigment üretimi dikate alınarak gruplandırdı. Renk gruplarını temsilen seçilen 20 test suşu 40 diagnostik teste tabi tutuldu ve sonuçlar numerik analizi yapıldı ve test suşları 10 gruba ayrıldı. Renk grupları ile numerik analiz gruplarının içerdiği suşlar genelde uygunluk gösterdi. Bilgisayara dayalı renk gruplandırma analizleri hem ekolojik hemde biyolojik ürün araştırmalarında ön çalışma olarak önemlidir. Test suşlarının filogenetik analizleri için 20’inin 16S rDNA genleri DNA ekstraksiyonundan sonra evrensel primerler kullanılarak 16S rDNA genleri çoğaltıldı ve 18’inin nükleotid zinciri belirlendi. Bu 18 suşun 16S rDNA genleri filogenetik analizi yapıldı ve 11’i Streptomyces türü olaral teşhis edilirken 3’ü Amycolatopsis umgeniensis UM16 ve Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322. türü olarak teşhis edildi. 3’ü ise Nocardia ignorata DSM 44496 ve Nocardia rhamnosiphila NRRL B-24637 ve 1’i Lentzea flaviverrucosa AS4.0578 türü olarak teşhis edildi. 11 Streptomyces türlerinden 4’ü S. Anulatus, 4’ü S. fulvissimus, 2’si S. lateritius LMG 19372 ve 1’i S. atrovirens türü olarak teşhis edildi. 16S rDNA genlerinin analiz sonucu oluşan dendogramdaki gruplar ile renk gruplandırması arasında korelasyon görüldü. Yine filogenetik analiz sonucu oluşan dendogramdan seçilen 4 suşun tüm hücre şeker analizi ve diaminopimelik asit (DAP) gibi kemotaksonomik sonuçları numerik analiz ve filogenetik analiz sonuçları uygunluk gösterdi ve önceki sonuçları destekledi. Bu veriler K02008 (13K) and K20134 (4K) suşunun Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322 %99,15 oranında benzerlik gösterdiğinden yeni tür olarak kabul edimesi gerekir. Fakat DNA-DNA hibdridisazyon çalışması en yakın tip suşla yapılması gerekir. Yine kemotaksonomik çalışmalar için filogenetik analiz sonucu 4 test suşu seçildi, şeker analizi ve diaminopimelik asit (DAP) analizi yapıldı. Sonuçlar numerik ve filogenetik analiz sonuçlari ile uyum gösterdi ve önceki çalışmalar ile desteklendi. Verilerimiz K02008 (13K) ve K20134 (4K) Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322. türüne % 99.15 benzerliğinden dolayı yeni tür olabilir. Yine K18126 (6K) ve K21147 (16K) suşlarıda Lentzea flaviverrucosa AS40578 ile %99.15 benzerliğinden dolayı yeni tür olması muhtemeldir. Bunun ile birlikte bütün izole edilen türlerin yeni tür olduğunu ispatlamak için en yakın tip suşu ile DNA-DNA hibridizasyon çalışması yapılması gerekir. 2017-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6178 Karlıova (Bingöl) İlçesinin Etnobotanik Özellikleri NADİROĞLU, Muharrem ÖZET: Bu çalışmada; Bingöl iline bağlı Karlıova ilçesi ve köylerinde 2013-2016 yılları arasında, yerel halk tarafından tıbbi, gıda ve diğer amaçlar için kullanılan bitkiler, bu bitkilerin kullanılan kısımlar ve kullanım şekilleri araştırılmıştır. Araştırma sırasında Karlıova merkezi ve 23 köyünden 220 kişi ile görüşülmüştür ve 60 kişi kaynak kişi olarak belirlenmiştir. Bitki kullanımı konusunda bilgi alınan kaynak kişilerin 33’ü erkek ve 27’si kadındır. Görüşülen kişilerin 1’i üniversite, 1’i lise, 26’sı ilkokul mezunu ve 31 kişi ise okuryazar değildir. Bilgi alınan kişilerin meslek dağılımı şu şekildedir; 26 ev hanımı, 30 çiftçi, 1 öğretmen, 1 iş adamı, 1 işçi ve 1 çalışmayan şeklindedir. Araştırma sonucunda çeşitli amaçlar için kullanılan 33 familyaya ait toplam 121 bitki taksonu ve bu bitkilere ait 280 yöresel kullanım şekli tespit edildi. Kullanım durumu hakkında bilgi toplanan bitkilerin 71’i tıbbi amaçlı, 13’ü gıda, 27’si gıda ve tedavi amaçlı, 4’ü süpürge yapımı, 3’ü boyar madde, 3’nün farklı amaçlarla kullanımlarının olduğu pespit edildi. Kullanılan bitkilerden 15 taksonun faydalı kullanımı ilk defa bu çalışmada belirlendi. Araştırma alanında kullanımı belirlenen bitkilerin kullanılan kısmı ve oranları şöyledir; Toprak üstü kısımları (% 26), Yaprak (% 18), Toprak altı kısımları (% 15), Meyve (% 13), Çiçek (% 10), Tüm bitki (% 9), Gövde (% 6), Tohum (% 3), Diğer (% 4). Araştırma alanında kullanımı belirlenen bitkilerin yoğun olarak dağıldığı 5 familya sırasıyla; Asteraceae 19 (% 15,7), Rosaceae 14 (% 11,6), Apiaceae 12 (%10), Lamiaceae 12 (%10), Fabaceae 10 (% 8,3)’dir.; ABSTRACT: In this study, the plants in the district of Karlıova (Bingöl) and its villages, that are used by local people for medicine, food and different purposes, used parts of this plants and their usage were researched between 2013 and 2016. During our researches, it was interviewed with 220 people from Karlıova and its 23 villages, and 60 of them were determined as sources. The source contacts who are taken knowledge about plant usage consist of 33 male and 27 female. Education status of the participants were stated one as bachelor’s, one as high school graduate, 26 as primary school graduate while 31 as illiterate. Occupational distribution of these persons from whom information was taken are as follows; 26 housewifes, 30 farmers,1 teacher, 1 busines man,1 worker and 1 unemployed. As a result of the research a totol of 121 plant taxa belonging to 33 families used for different purposes and 280 different local usage of these plants were determined. It was found that 71 of the plants obtained information about its usage were used for medical purposes, 13 for food, 27 for food and medical, 4 for tree heath, 3 for colourant and 3 for different purposes. The useful usage of 15 taxa were determined for the first time in this study. Used parts and ratios of the plants whose usage was determined in the study ar as follows; Aboveground parts (26%), Leaf (18%), Underground parts (15%), Fruit (13%), Flower (10%), Whole plant (9%), Stem (6%), Seed (%3), Other (4%). The 5 families in which the plants whose usage was determined in the research area were intensely ranged are Asteraceae 19 (15,7%), Rosaceae 14 (11,6%), Apiaceae 12 (10%), Lamiaceae 12 (10%), Fabaceae 10 (8,3%), respectively. 2017-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6161 Elazığ Karakoçan Yöresi Buzağı ve Danalarında Eimeria Türlerinin Yaygınlığı BOZDAĞ, Ahmet ÖZET: Bu çalışmamda; Doğu Anadolu bölgesinin ve yurdumuzun önemli hayvansal üretim merkezlerinden olan Elazığ Karakoçan ilçesi ve ilçeye bağlı köylerinde yaşayan buzağı ve danalarda coccidiosis hastalığına sebep olan Eimeria türleri ve bu türlerin pervelansı tespit edilmeye çalışılmıştır. Karakoçan yöresinde İlçe Merkezi, Sarıcan Beldesi, Başyurt, Bulgurcuk, Kalecik, Demirdelen ve Yenikaya köyleri olmak üzere toplam 7 farklı bölgeden materyal toplanmıştır. Bu süre içeresinde 1-12 aylık 119 tane buzağı ve dananın dışkı numunesi alınmış, yapılan mikroskobik incelemeler neticesinde bu dışkı numunelerinin 60 (%50,42) tanesinde Eimeria spp. oocsytleri tespit edilmiştir. Oocyst tespit edilen dışkılar %2,5 potasyum dikromat (K2Cr2O7) ilave edilip petrikapları içerisinde bekletilerek sporlanmaları sağlandıktan sonra tür tayinleri yapılmıştır. İncelemeler sonucunda dana ve buzağıların; E. bovis (%45), E. ellipsoidalis (%30), E. auburnensis (%28,3), E. alabamensis (%26,6), E. zuerni (%25), E. clindirica (%13,3) olmak üzere toplam 6 tür tarafından enfekte olduğu görülmüştür. Enfekte hayvanların 37‟sinin (%61,6) tek tür, 13‟ ünün (%21,6) iki tür, 5‟ inin (%8,3) üç tür, 3‟ünün (%5) dört tür, 1‟ inin(%1,6) beş tür, 1‟ inin (%1,6) altı tür ile enfekte olduğu tespit edilmiştir. En fazla prevalans 6-12 aylık yaşları arasında, simental ırkında ve Yenikaya ve Demirdelen köyleri civarındaki hayvanlarda tespit edilmiştir. Dişilerin %58,8 (40 birey) ve erkeklerin %39,2 (20 birey) enfekte olduğu tespit edilmiştir. Bu çalışma sürecinde elde edilen verilerin, Elazığ Karakoçan yöresinde coccidiosis hastalığı ile mücadelede; Veteriner hekimlere, hayvan sahiplerine ve ülke ekonomisine yararlı olacaktır. Bundan sonra bu yörede coccidiosis konusunda yapılacak olan bilimsel çalışmalarda bu verilerden yaralanılacağı düşünülmektedir.; ABSTRACT: In this study to determine Eimeria species causing coccidiosis disease and the understand and researc of Eimeria species in calves in Elazığ Karakoçan in the villages region which is one of the important animal production centers. The materials have been taken from different regions. The materials were taken from seven different regions are that Karakoçan County town, Sarıcan Town, Başyurt, Bulgurcuk, Kalecik, Demirdelen, and Yenikaya. Within this period, the feces samples were taken from the rectums of 1-12 month-old 119 calves, in the results of microscopic examination, it is determined that there are Eimeria spp. Oocysts in the 60 (50.42%) of these feces samples. After addition of a solution of 2.5% potassium dichromate (K2Cr2O7) to the feces samples containing oocysists, determination of the species was done after the sporulation of the oocysts in the petri dishes. Results of examinations, it was found that the calves were infected with a total 6 species. These species were E. bovis (45%), E. ellipsoidalis (30%) E. auburnensis (28.3%) E. alabamensis (26.6%), E. zuerni (25%), and E. clindirica (13.3%). It has been determined that 37 (61.6%) of infected animals are infected by one species, 13 (21.6%) of them by two species, 5 (8.3%) of them by three species, 3 (5%) of them by four species, 1 (1.6%) of them by five species, 1 (1.6%) of them by six species. The most prevalence has been seen in the animals that are at 6-12 month-old, Simmental race, and around Yenikaya and Demirdelen villages. It has been determined that female 58.8% (40 individuals) and male 39.2% (20 individuals) are infected. It is thought that acquired datas from the result of this study bring benefit to veterinarian and animal breeder who protect their animals from coccidiosists and struggle with this disease in Elazığ Karakoçan region, in addition, bringing light to next scientific studies about coccidiosis. 2018-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6149 Bingöl Yöresi Bal Örneklerinden Fenolik Bileşiklerin Ekstraksiyonu ve Bazı Biyolojik Aktivitelerinin Araştırılması MURAT, Evset ÖZET: Bingöl ve yöresi zengin bitki çeşitliliği ve uygun iklim koşulları ile arıcılığa oldukça uygun bir bölgedir. Bölgemizde bal üretimi ticaret amaçlı olduğundan dolayı arıcılık faaliyetleri her geçen gün artmaktadır. Bu çalışmada, Bingöl ili ballarının, farklı bölgelerden alınan örneklerinin fenolik ekstrelerinin dünya çapında yapılan bal araştırmalarında bilinirliliği ve etkinliği azdır. Bu amaçla ve balın bir şifa kaynağı olarak bilinen toplumlarda balın gerçek özelliklerinin neler olabileceği ve Bingöl balının sadece besleyici özelliği dışında şifa kaynağı olarak ne kadar etkin olduğu, bal içeriğinin etkin maddeler açısından hangi vasıflara sahip olduğu bu etkin maddelerin ne derecede antioksidan ve antikanser özelliği gösterdiğinin tespit edilmesi amaçlanmış ve çalışmada kullanılan bal örnekleri Amberlite® XAD-2 kolon dolgu maddesiyle ile muamele edilerek fenolik ekstraktları elde edildi. Ekstrakların toplam fenol içerikleri Folin-Ciocalteu yöntemiyle, toplam flavonoid miktarları alüminyum klorür metoduyla ve toplam antioksidan aktiviteleri ise fosfomolibden yöntemi ile tayin edilmiştir. Bingöl’ deki çeşitli bölgelerden toplanan 5 adet balın metanol ekstraktında toplam fenolik içerikler Kiğı (426,01), Sancak (326,17), Servi (237,70), Solhan (172,90) ve Yayladere (140,34) (μg gallik asit/g) olarak hesaplanmıştır. Toplam flavonoid içerikleri ise sırasıyla 0,1981, 0,1482, 0,0805, 0,0817, ve 0,0876 (μg kuersetin/g) olarak saptanmıştır. Toplam fenolik asit içerikleri sırasıyla 723,33 - 868,00 - 262,00 - 0,0817 ve 312,00 (μg sinapik asit/g) olarak saptanmış bu verilere göre fenolik bileşik içeriğine göre Kiğı balı öne çıkmaktadır. Bu ekstraktların antioksidan aktiviteleri olarak metal şelatlama aktivitesi ve toplam antioksidan kapasitenin belirlenmesi deneyleri yapılmıştır ve % inhibisyon olarak değerlendirilen 1000 μg/mL konsantrasyon da en fazla inhibisyon olduğu görülmüştür, buna göre bal ekstraklarının inhibisyon değerleri sırasıyla % olarak 17,17 - 2,74 - 18,76- 11,44 ve 3,74 olarak belirlenmiştir. Bu bal ekstraktının metal şelatlama aktivitesinin EDTA eşleniği açısından değer- lendirildiğinde 12,5 μg/mL konsantrasyonda en fazla metal şelatlama sahip olduğu görülmüş ve buna göre metal şelatlama aktiviteleri sırasıyla 2448,01 - 1334,16 - 439,61 - 1971,66 - 1432,08 μg EDTA/g olarak hesaplanmıştır. Toplam antioksidan kapasite ise sırasıyla 2275,40 - 1498,25 - 811,90 - 646,98 ve 16,34 (μg askorbik asit/g) olarak belirlenmiştir. Bu bilgilere göre Kiğı balın toplam antioksidan ve fenolik içerik aktivitelerinin diğer ballardan daha yüksek olduğu görülmüştür. Ayrıca tüm bal örneklerinin insan prostat kanser hücrelerinin (PC-3) canlılığı üzerine etkilerine de bakılmıştır. Tüm bal örneklerinin PC-3 hücre canlılığını uygulanan tüm dozlarda düşürdüğü gözlemlenmiştir.; ABSTRACT: Bingöl and its region are very suitable region for beekeeping with its rich plant variety and suitable climatic conditions. Beekeeping activities are increasing day by day because honey production is aimed for trading in our region. In this study, the phenolic extracts of honey from Bingöl provinces, samples taken from different regions are less known and effective in honey researches made around the world. For this purpose and in what is known as a source of healing honey, what are the true features of honey and how effective it is as a source of healing other than the nutritive properties of Bingol honey, what qualities of honey content have in terms of active ingredients, how antioxidant and antimicrobial and anticancer properties of these active substances and the honey phenolic compounds which were to be used for antioxidant and antimicrobial activities were extracted with Amberlite XAD-2 column filler. Total phenol contents of the extracts were determined by Folin-Ciocalteu method, total flavonoids were determined by aluminum chloride method and total antioxidant activities by phosphomolybdenum method. The total phenolic contents of methanol extracts of five honey samples collected from various regions in Bingöl were compared with the values of Kiğı (426.01), Sancak (326.17), Servi (237.70), Solhan (172.90) and Yayladere (140.34) μg gallic acid/g). Total flavonoid contents were calculated as 0.1981, 0.1482, 0.0805, 0.0817, and 0.0876 (μg quercetin/g), respectively. Total phenolic acid contents were calculated as 723.33 - 868.00 - 262.00 -0.0817 and 312.00 (μg sinapic acid/g), respectively, according to the phenolic compound contents of honey samples. The metal chelating activities and the total antioxidant capacities of these extracts were determined as the antioxidant activities and the inhibition values were found to be the maximum inhibition at the concentration of 1000 μg/mL evaluated as % inhibition, the % inhibition values of honey extracts were 17.17 - 2.74 - 18. 76 - 11.44 and 3.74. When the metal chelating activity of this honey extract was evaluated in terms of the EDTA conjugate, the metal chelating activity was found to be the highest at 12.5 μg/mL concentration and thus the metal chelating activities were found to be 2448.01 - 1334.16 - 439.61 - 1971.66 - 1432.08 μgEDTA/g. When the total antioxidant capacity was evaluated as 2275.40 - 1498.25 – 811.90 – 646.98 and 16.34 (μg ascorbic acid/g), respectively. According to this information, the total antioxidant and phenolic content activities of Kiği honey sample were found to be higher than the other balloons. Our findings indicate that gallic acid, quercetin, sinapic acid, ascorbic acid are the main phenolic acids studied. We evaluated the effects of honey samples on viability of human prostate cancer cells (PC-3) and these extracts significantly reduced the viability of PC-3 cells in vitro. As a result, antioxidant and anticancer properties of honey samples from Bingöl province have been revealed. 2017-01-01T00:00:00Z