https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/1367 Molecular Biology and Genetics 2026-04-18T14:59:37Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6018 Kanser Kemoterapi Direncine Karşı Emodin ve Aloe-Emodinin Rolü AVCI, Biritan ÖZET: Kanser, hücrelerin kontrolsüz çoğalması ve farklılaşma yeteneklerini kaybetmesiyle ortaya çıkan, yüksek mortalite ve morbiditeye sahip önemli bir sağlık sorunudur. Osteosarkoma, özellikle çocukluk ve ergenlik döneminde görülen, hızlı metastaz yapma eğilimi nedeniyle prognozu kötü olan bir kemik tümörüdür. Günümüzde kemoterapi ve radyoterapi temel tedavi yaklaşımları olsa da, tedaviye karşı gelişen direnç başarıyı sınırlamaktadır. Doğal kaynaklı bileşikler antikanser potansiyelleri ile öne çıkmaktadır. Rheum ribes bitkisinden elde edilen emodin ve aloe-emodin, antiproliferatif ve pro-apoptotik etkileri ile bilinen doğal antrakinon türevleridir. Bu çalışmada, PARP inhibitörüne dirençli osteosarkoma hücre hattı (U2OS/PIR) üzerinde bu bileşiklerin etkileri incelenmiştir. WST-1 analizi, her iki bileşiğin hücre canlılığını belirgin şekilde azalttığını göstermiştir. Koloni sağkalım analizi, hücrelerin koloni oluşturma kapasitelerinin baskılandığını ortaya koymuştur. ROS ve VEGF analizleri, oksidatif stresin arttığını ve anjiyogenezin inhibe edildiğini göstermiştir. Ayrıca apoptozla ilişkili proteinlerdeki değişimler, apoptotik süreçlerin aktive olduğunu doğrulamıştır. Sonuç olarak, emodin ve aloe-emodinin osteosarkoma hücrelerinde tek başına antikanser etki gösterdiği; PARP inhibitörleri ile kombine kullanıldığında tedavi etkinliğini artırarak ilaç direncinin kırılmasına katkı sağlayabileceği ortaya konulmuştur.; ABSTRACT: Cancer is a major health concern characterized by uncontrolled cell proliferation and loss of differentiation, associated with high morbidity and mortality. Osteosarcoma, predominantly observed in children and adolescents, has a poor prognosis due to its rapid metastatic potential. Although chemotherapy and radiotherapy remain the primary treatment approaches, therapeutic resistance often limits their effectiveness. Natural compounds have attracted attention due to their potential anticancer properties. Emodin and aloe-emodin, anthraquinone derivatives isolated from Rheum ribes, are known for their antiproliferative and pro-apoptotic effects. In this study, the effects of these compounds were investigated in the PARP inhibitor-resistant osteosarcoma cell line (U2OS/PIR). WST-1 assays demonstrated a significant reduction in cell viability following treatment with both compounds. Colony formation assays revealed marked inhibition of the cells’ clonogenic capacity. ROS and VEGF analyses indicated increased oxidative stress and suppressed angiogenesis, respectively. Furthermore, alterations in apoptosis-related protein levels confirmed the activation of apoptotic pathways. In conclusion, emodin and aloe-emodin exhibited anticancer effects in osteosarcoma cells, and their combination with PARP inhibitors enhanced therapeutic efficacy, suggesting a potential strategy to overcome drug resistance. 2025-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/5985 Yeşil Sentez Ferulik Asit Magnezyum Nanopartikülün: Gökkuşağı Alabalıklarında (Oncorhynchus mykiss) Büyüme Hormonları ve Antioksidan Enzimlerinin Gen Ekspresyonlarının Değerlendirilmesi ve Antioksidan Enzim Aktivitelerinin ve Antibakteriyel Özelliklerinin İncelenmesi BALKİS, Esra ÖZET: Bu çalışmada, yeşil sentez (Green Synthesis) yaklaĢımı ile sentezlenen ferulik asit ve magnezyum nanopartikülleri (FA@MgNPs) geliştirilmiştir. Sentezlenen FA@MgNPs‘lerin, Gökkuşağı alabalıkları (Oncorhynchus mykiss) üzerindeki biyolojik etkilerinin moleküler düzeyde araştırılması amaçlanmıştır. Deneysel çalışmalara, sentezlenen FA@MgNPs‘lerin karakterizasyonunu gerçekleştirmek amacıyla Ultraviyole/görünür ışık Spektroskopisi (Uv-vis.), Fourier Dönüşümlü Kızılötesi Spektroskopisi (FT-IR), X-Işını Kırınımı (XRD), X-IĢını Spektroskopisi (EDX), Taramalı Elektron Mikroskobu (SEM), Transmisyon Elektron Mikroskobu (TEM) ve Zeta potansiyel analizi gibi enstrümental analiz teknikleri ile başlanmıştır. Karakterizasyon işleminin ardından in-vitro ortamda; FA@MgNPs‘lerin antimikrobiyal etkinlikleri, pozitif ve negatif kontroller kullanılarak disk difüzyon metodu ile değerlendirilmiştir. İn-vivo deneyeler için yavru gökkuşağı alabalıkları (Oncorhynchus mykiss) temin edilmiştir. Aklimasyon gerçekleştirilmiş ve balıklar, deney için hazırlanmış katkılı yemlerle beslenmeye başlanmıştır. Beslenme süresi tamamlanmış ve moleküler analizlerde kullanmak üzere deneklerden; kas, karaciğer ve böbrek dokuları alınarak uygun koşullarda muhafaza edilmiştir. Alınan dokularla, büyüme hormonu (GH-I), insülin benzeri büyüme faktörü (IGF-I) ve antioksidan iliĢkili genlerin ((katalaz (CAT), süperoksit dismutaz (SOD), glutatyon peroksidaz (GPX), glutatyon redüktaz (GR), glutatyon-S-transferaz (GST)) mRNA düzeyleri, enzim aktivitesi ve yağ asidi profili analizleri gerçekleştirilmiştir. Karakterizasyon analizleri sonucunda FA@MgNPs‘lerin, partikül boyutu yaklaĢık 10,68 nm olarak saptanmıştır. FA@MgNPs‘lerin doza bağımlı bir şekilde Escherichia coli, Aeromonas hydrophila, Yersinia ruckeri, Staphylococcus aureus bakterilere karşı etkinlik gösterdiği belirlenmiştir. Kas, karaciğer ve böbrek dokularında hedeflenen genlerin mRNA ekspresyon düzeyleri, enzim aktivite seviyeleri ve yağ asidi içerikleri değerlendirilmiş; bu parametrelerde gen ve dokuya özgü farklılıkların istatistiksel olarak anlamlı olduğu belirlenmiştir.; ABSTRACT: In this study, ferulic acid and magnesium were combined to create a synergistic effect by adopting a green chemistry approach; in this way, it was aimed to synthesize ferulic acid magnesium nanoparticles (FA@MgNPs) and to investigate the biological effects of the synthesized FA@MgNPs on aquatic organisms at the molecular level. Experimental studies were initiated with instrumental analysis techniques such as Ultraviolet/visible light Spectroscopy (Uv-vis.), Fourier Transform Infrared Spectroscopy (FT-IR), X-Ray Diffraction (XRD), X-Ray Spectroscopy (EDX), Scanning Electron Microscopy (SEM), Transmission Electron Microscopy (TEM) and Zeta potential analysis in order to characterize the synthesized FA@MgNPs. After the characterization process, in vitro; antimicrobial activities of FA@MgNPs were evaluated by disk diffusion method using positive and negative controls. Juvenile rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) were provided for in vivo experiments. Acclimation was performed and the fish were started to be fed with supplemented feeds prepared for the experiment. The feeding period was completed and muscle, liver and kidney tissues were taken from the subjects to be used in molecular analyses and stored under appropriate conditions. The mRNA levels, enzyme activities and fatty acid contents of growth hormone (GH-I), insulin-like growth factor (IGF-I) and antioxidant (catalase (CAT), superoxide dismutase (SOD), glutathione peroxidase (GPX), glutathione reductase (GR), glutathione-S-transferase (GST)) genes were analyzed with the tissues taken. As a result of characterization analysis, FA@MgNPs were found to have a size of approximately 10.68 nm. It was determined that FA@MgNPs were effective against Escherichia coli, Aeromonas hydrophila, Yersinia ruckeri, and Staphylococcus aureus bacteria in a dose-dependent manner. The mRNA expression levels, enzyme activity levels, and fatty acid contents of targeted genes in muscle, liver, and kidney tissues were evaluated; it was determined that gene- and tissue-specific differences in these parameters were statistically significant. It was observed that the relative density and hardness values increased in parallel with the increase in sintering temperature and time for the material. 2025-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/5960 Olaparib-Paclitaxel Kombinasyonunun Parp1/2 İnhibitör Dirençli MCF7 Meme Kanseri Hücrelerinde Apoptotik Biyogöstergeler Üzerine Etkisi YILDIRIM, Abdullah ÖZET: Meme kanseri, yüksek ölüm oranlarından dolayı kadın sağlığı önündeki en büyük tehditlerden biridir. Meme kanseri hücre hattı(MCF-7) yapısında meydana gelen bir hasarın onarılması için DNA tamir mekanizması ve bu mekanizmada etkin rol oynayan PARP’lar(Poli ADP-riboz Polimeraz) büyük önem taşımaktadır. Kanserli bir hücrenin programlı ölüm yolağına(apoptoz) sürüklenebilmesi için söz konusu tamirde görevli PARP’ların inhibisyonuna yani PARP İnhibitör(PARPi) ajanlarına ihtiyaç duyulmaktadır. Bu düşünce ile geliştirilen ve güvenilirliği FDA tarafından onaylanan Olaparib, yaygın kullanım alanına sahip bir PARP inhibitörüdür. Özellikle tümör süpresör genler olarak bilinen BRCA genlerinin mutasyonlu olduğu meme kanseri hücrelerinde olaparibin PARP’ları inhibisyonuyla tedavi noktasında yeni fikirler geliştirmektedir. Ancak söz konusu PARP inhibitörü kullanılırken hücresel düzeylerde karşılaşılan ilaç dirençleri nedeniyle tedavide istenilen sonuçlar elde edilememektedir. Bu çalışmada da PARPi olan Olaparibe karşı in-vitro şartlarda direnç kazandırılmış MCF-7/PIR hücre hattı elde dilerek deneyler yapıldı. Gelişen direnci yıkabilmek adına aynı anda farklı hücresel mekanizmaları hedefleyerek kanser hücrelerini apoptoza yönlendirecek yeni tedavi stratejilerini sunmak gerekmektedir. Bu noktada birçok çalışmada bireysel olarak etkisi kanıtlanmış olan kemoterapötik ajan Paklitaksel değerlendirilmektedir. Mekanizma olarak paklitaksel, apoptozisi uyarmak için bir takım sinyal molekülleri ve gen ürünleri aracılığıyla Bcl-2 ailesi üyelerini fosforile eder ve sitotoksisiteyi sağlamak için hücre döngüsünü G2/M fazında durdurduğu bilinmektedir. Bu bilgiler ışığında, çoklu ilaç direncinin yaşandığı meme kanseri tedavilerinde, DNA hasarını tetikleyen olaparib ile hücre döngüsü üzerinde etkili paklitakselin kombine edilmesiyle yeni bir terapötik yaklaşım değerlendirildi. Olaparib’e karşı dirençli MCF-7 hücre hattında ilk defa çalışılan bu kombinasyonun programlı hücre ölümü apoptoz üzerine olan etkisi araştırıldı.; ABSTRACT: Breast cancer is one of the biggest threats to women's health due to its high death rate. DNA repair mechanism and PARPs (Poly ADP-ribose Polymerase) that play an active role in this mechanism are of great importance for repairing a damage in the structure of breast cancer cell line (MCF-7). In order for a cancer cell to be dragged into the programmed death pathway (apoptosis), inhibition of PARPs involved in the said repair, that is, PARP Inhibitor (PARPi) agents are needed. Developed with this in mind and approved by the FDA, Olaparib is a widely used PARP inhibitor. Especially in breast cancer cells where BRCA genes known as tumor suppressor genes are mutated, olaparib develops new ideas at the point of treatment by inhibiting PARPs. However, due to drug resistance encountered at cellular levels when using the said PARP inhibitor, desired results cannot be obtained in the treatment. In this study, experiments were carried out by obtaining MCF-7/PIR cell line, which was resistant to Olaparib, which is PARPi, under in-vitro conditions. In order to break down the developing resistance, it is necessary to present new treatment strategies that will direct cancer cells to apoptosis by targeting different cellular mechanisms at the same time. At this point, Paclitaxel, a chemotherapeutic agent whose individual effect has been proven in many studies, is being evaluated. Paclitaxel as a mechanism, a number of signaling molecules and genes to induce apoptosis. It phosphorylates Bcl-2 family members through its products and is known to arrest the cell cycle in the G2/M phase to achieve cytotoxicity. In the light of this information, a new therapeutic approach was evaluated by combining olaparib, which triggers DNA damage, and paclitaxel, which is effective on the cell cycle, in the treatment of breast cancer with multidrug resistance. The effect of this combination, which was studied for the first time in an olaparib-resistant MCF-7 cell line, on programmed cell death apoptosis was investigated. 2021-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/5827 α-Kimotripsin ile Hazırlanan Gümüş Nanopartikülerin (Ag-CT) H2o2 ile İndüklenmiş SH-SY5Y Nöroblastoma Hücre Hattında Oksidatif Stres Parametrelerine Etkisinin İncelenmesi BAŞARAN, Rumeysa ÖZET: Nanoteknoloji gelişen dünyamızda hemen her alanda yeniliklere neden olmaktadır. Nanopartiküller çok farklı disiplinlerde ve çok farklı amaçlarla kullanılmaktadır. Nanopartiküllerin kullanım alanlarından biri de sağlık ve ilaçlardır. Nanopartiküller küçük boyutları ile hücre içine kolaylıkla girebilmeleri nedeniyle terapötik uygulamalar için oldukça umut vericidir. Bu çalışmada AgNO3 α-kimotripsin aracılı indirgenmesi ile yeşil sentezlenen Ag-CT’lerin SH-SY5Y hücre hattı üzerinde oksidatif stres parametreleri üzerine etkisini incelenmiştir. Öncelikle sentezlenen Ag-CT’lerin FT-IR, RAMAN, Uv/Vis, XPS, XRD, SEM ve Zeta potansiyeli analizleri ile karakterizasyonu gerçekleştirildi. SEM analizi sonucu Ag-CT’lerin 26-28 nm boyutlarında kübik formda oldukları tespit edildi. SH-SY5Y hücre hattında H2O2 indüklü oksidatif stres oluşturuldu ve hücrelerin yarısının yaşadığı LD50 değeri 400 μM olarak belirlendi. SH-SY5Y hücre hattında sentezlenen Ag-CT’lerin canlılık üzerine etkisi incelendi ve 1 mg/Ml konsantrasyonu ideal doz olarak belirlendi. Bu çalışmaların ardından LD50 değerinde H2O2 ve Ag-CT birbirini ardına uygulandı. Buna göre Ag-CT dozu arttıkça H2O2’nin hücre üzerindeki öldürücü etkisinde azalma görüldü. Hücrelere önce Ag-CT uygulanması, önce H2O2 uygulamasına kıyasla yakın değerler vermekle birlikte daha yüksek canlılık oranı ile sonuçlandı. Disk difüzyon yöntemi ile gerçekleştirilen antimikrobiyal testler sonucunda Ag-CT’nin S. mutans, S. aureus, E. coli, K. pneumoniae, C. Albicans ve S. cerevisiae üzerinde değişken düzeylerde alan açtığı görüldü. Yapılan TAS/TOS deneylerinin birbirini desetekleyici verilerine göre Ag-CT, SH-SY5Y’de antioksidan etkinliğini artırarak oksidan seviyelerinde düşüşlere neden oldu. Sonuç olarak yeşil sentezlenen Ag-CT, SH-SY5Y üzerindeki oksidan yükünü azaltıcı etki göstermiştir. Literatürde genellikle küresel olan AgNP’lere karşın Ag-CT’nin kübik formu onu daha az toksik kılmaktadır. Ag-CT’nin in vitro ve in vivo etkilerinin anlaşılması için daha geniş kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır.; ABSTRACT: Nanotechnology causes innovations in almost every field in our developing world. Nanoparticles are used in many different disciplines and for many different purposes. One of the nanoparticle using disciplines is health and medicine. Nanoparticles are quite promising for therapeutic applications due to their small size and ability to easily enter the cell. In this study, the effect of α-chymotrypsin-mediated green synthesized Ag-CT by AgNO3 reduction on oxidative stress parameters on SH-SY5Y cell line was investigated. First of all, the synthesized Ag-CTs were characterized by FT-IR, RAMAN, Uv/Vis, XPS, XRD, SEM and Zeta potential analyses. As a result of SEM analysis, it was determined that Ag-CT was in cubic form with dimensions of 26-28 nm. H2O2-induced oxidative stress was created in SH-SY5Y cell line and the LD50 value experienced by half of the cells was determined as 400 μM. The effect of Ag-CT synthesized in the SH-SY5Y cell line on viability was investigated and 1 mg/mL concentration was determined as the ideal dose. Following these studies, H2O2 and Ag-CT were applied one after the other at the LD50 value. Accordingly, as the Ag-CT dose increased, a decrease in the lethal effect of H2O2 on the cell was observed. Applying Ag-CT to the cells first resulted in higher viability rates, although giving similar values compared to applying H2O2 first. As a result of the antimicrobial tests performed with the disk diffusion method, it was observed that Ag-CT opened up zones on S. mutans, S. aureus, E. coli, K. pneumoniae, C. Albicans and S. cerevisiae at variable levels. According to the supporting data of the TAS/TOS experiments, Ag-CT increased the antioxidant activity in SH-SY5Y and caused decreases in oxidant levels. As a result, green synthesized Ag-CT showed a reducing effect on the oxidant load on SH-SY5Y. In contrast to the generally spherical AgNPs reported in the literature, the cubic form of Ag-CT makes it less toxic. More comprehensive studies are needed to understand the in vitro and in vivo effects of Ag-CT. 2024-01-01T00:00:00Z