https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/1360 Biology 2026-09-04T23:20:17Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6248 Zebra Balıklarında Deneysel Olarak Oluşturulan Edwardsiella Tarda Enfeksiyonu Üzerine Histopatolojik İncelemeler KALKAN, Hamza ÖZET: Bu araştırmada Edwardsiella tarda (E. tarda) ile deneysel enfeksiyon oluşturulan genç (bir aylık) zebra balıklarının organ ve dokularında oluşan histopatolojik değişiklikler histolojik teknik ve boyama yöntemleri kullanılarak ortaya konuldu. Bu amaçla, çalışmada, zebra balıklarına intraperitoneal (ip) enjeksiyon ve banyo şeklinde uygulanan eprüvasyon işlemi sonucunda balıklarda enfeksiyon oluşması sağlandı. Deneysel uygulamaya bağlı olarak balıkların organ ve dokularında şekillenen histopatolojik değişiklikler histolojik yöntem ve teknikler kullanılarak mikroskobik incelemeye hazır hale getirildi. Mikroskobik değerlendirme ile ip enjeksiyon ve immersiyon şeklinde yapılan uygulama sonucunda balıkların organ ve dokularındaki histopatolojik lezyonlar ışık mikroskobunda değerlendirildi, fotoğraflanması yapıldı ve gözlenen mikroskobik bulgular kayıt altına alındı. Mikroskobik incelemelerde 104 ve 105 (Colony Forming Units/mililitre) CFU/ml ip deneme gruplarında; peritonda fibrinöz yangı ile kanama, karaciğerde şiddetli konjesyon, hepatositlerde vakuolizasyon, solungaçlarda primer lamellalarda yer yer mononüklear hücre infiltrasyonu ile pilar hücrelerde dejenerasyon, kas doku içerisinde yaygın veya fokal mononüklear hücre infiltrasyonları, kaslarda yaygın dejenerasyon ve nekroz ile kanama alanları gözlenen önemli değişikliklerdi. 106 ve 107 CFU/ml immersiyon gruplarında ise diğer gruplara göre daha hafif şiddette karaciğerde konjesyon ve hepatositlerde vakuolizasyon, kaslarda dejenerasyon ve fokal nekroz alanları görüldü. Kontrol grubunda herhangi bir histopatolojik değişime rastlanılmadı. Sonuç olarak bu çalışmada; oluşturulan deneysel E. tarda enfeksiyonu sonucu ip gruptaki zebra balıklarında daha şiddetli lezyonlar şekillenirken immersiyon gruplarında daha hafif şiddette ve daha az oranda lezyonlar oluşmuştur. Çalışma süresince balıklardan sadece bir tanesinde ölüm gözlenmiş ve deneme boyunca balıklarda gözlenen histopatolojik lezyonlara rağmen ölümlerin çok nadir olarak şekillenmesi, zebra balıklarının E. tarda enfeksiyonuna karşı oldukça dirençli oldukları kanaatine varılmıştır.; ABSTRACT: In this study, the histopathological changes in the organ and tissues of juvenile zebra fish (one month age) experimentally infected with Edwardsiella tarda (E. tarda) were shown by using histologic technic and staining methods. For this reason, as a result of epruvation which was applied to zebra fish as intraperitoneal (ip) injection and immersion method, the infection development in the fish was provided. The histopathologic changes which were formed in the organ and tissues of the zebra fish realted to the experimental applications were made ready by using histological methods and techniques. As a result of ip injection and immersional applications via light microscopically evaluations, the lesions in the organs and tissues of the zebra fish were evaluated, were photographed and the observed microscopic findings were recorded. In microscopic examinations, in 104 - 105 (Colony Forming Units/mililiter) CFU/ml ip experimental groups the following important findings were observed: hemorrhage and fibrinous inflammation in peritonea, severe congestion in liver, vacuolization of hepatocyte, locally mononuclear cell infiltration in gills and primer lamellas and degeneration in pillar cells, diffused or local mononuclear cell infiltrations in muscular tissue, diffused degeneration and necrosis and hemorrhage areas in the muscles. Compared with other groups, in the immersion groups of 106 - 107CFU/ml, less severe congestion in livers, and vacuolization of hepatocytes, degeneration and focal necrosis areas in muscles were observed. In control group no histopathological changes were observed. As a result, related to the experimental infection of E. tarda in zebra fish, much severe lesions were formed in ip injected group while the lesions of immersion group were less severe and slight. During the study, only the death of one of the zebra fishes was observed and throughout the experiment the rare amount of death despite the observed histopathological lesions in fishes shows that zebra fish is rather resistant to the infection of E. tarda. 2015-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6247 Parental Olaparib-Dirençli MCF7 Meme Kanseri Hücrelerinin Olaparib Yanıtında MUM1 Proteininin Etkisinin Araştırılması KİŞEÇOK, Çiğdem ÖZET: MUM1 (EXPAND1) proteininin DNA hasarına karşı hücre sağ-kalımını desteklediği gösterilmiştir. DNA hasarı durumunda, MUM1 proteininin tümör süppressör 53BP1 proteiniyle etkileşime girdiği ve neticede hasarlı kromatin bölgesinde toplanarak kromatin relaksasyonunu desteklediği bildirilmiştir. DNA hasarına uğrayan MUM1-inaktif hücrelerde ise defektif kromatin dekondensasyonu nedeniyle oluşan lezyonların biriktiği ve bu nedenle söz konusu hücrelerin genotoksik saldırılara daha hassas hale geldiği gösterilmiştir. Ayrıca, MUM1 protein seviyesinin klinikte başarılı sonuçlar sağlayan PARP inhibitör tedavi yanıtının tahmininde kullanılabilir bir biyobelirteç olabileceği ileri sürülmüştür. Projemizin amacı, PARP inhibitör tedavi yanıtının tahmin edilebilmesi için MUM1 ekspresyon seviyesinin parental ve olaparib dirençli kanser hücrelerinde prediktif bir biyobelirteç olarak kullanılabilir olup olmadığının araştırılmasıdır. Memeli hücre kültürü teknikleri ve MCF7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatları kullanılarak gerçekleştirdiğimiz çalışmalarda, MUM1 biyolojisinin normal şartlar altında ve eksojen DNA hasarı durumundaki fonksiyonel etkisi araştırıldı. Endojen olarak eksprese edilen hedef genlerin mRNA'ları RNA interferans teknolojisi kullanılarak susturuldu. Western blot analizleri gerçekleştirilerek siRNA manipülasyonları teyit edildi ve farklı protein ekspresyon düzeyleri araştırıldı. Kantitatif PCR tekniği kullanılarak MUM1-efektif ve defektif hücrelerdeki p53 ve p21 mRNA miktarları karşılaştırıldı. MUM1'in tekli veya PARP ile birlikte ikili inaktivasyonunun BRCA2-efektif veya defektif arka planlarda hücre canlılığına veya koloni sağ-kalımına olan etkileri in vitro sitotoksisite analizleriyle belirlendi. Sürekli seleksiyon tekniğiyle kullanılarak olaparib-dirençli MCF7 meme kanseri hücreleri geliştirildi ve MUM1 proteininin olaparib tedavisine olan katkısı değerlendirildi. Elde ettiğimiz sonuçlar, MUM1'in baskılandığı hücrelerde p53 ve p21 aktivelerinin geçici olarak arttığını ancak bu durumun hücre canlılığına ve koloni sağ-kalımına etki etmediğini gösterdi. MUM1 proteininin PARP inhibitör tedavisine karşı MDA-MB-231 meme kanseri hücre sağ-kalımını desteklediği, dolayısıyla MUM1 ekspresyonunun PARP inhibitör yanıtının tahmininde kullanılabilir bir biyobelirteç olabileceği belirlendi. Sonuç olarak projemiz, önemli bir DNA hasar yanıt faktörü olma potansiyeli taşıyan MUM1 proteininin daha kapsamlı araştırmaların yapılmasıyla prediktif bir biyogösterge olarak klinikte hasta stratifikasyonunda kullanılabilir olduğunu ortaya çıkarmıştır.; ABSTRACT: MUM1 (EXPAND1) protein was revealed to support cell survival against DNA damage. Upon DNA damage, MUM1 interacts with the tumour suppressor 53BP1 and consequently become recruited towards the damaged chromatin to support the chromatin relaxation. In response to DNA damage, the chromatin decondensation becomes defective in MUM1-deficient cells, which are therefore sensitised to genotoxic insults. In addition, a genome-wide screen identified MUM1 levels as a potential biomarker to predict the treatment response of PARP inhibitors that provide successful outcomes in the clinic. Our project aimed to investigate whether MUM1 levels can be used as a predictive biomarker of PARP inhibitor treatment. Mammalian cell culture was used to uncover the functional effect of MUM1 biology in cells with/without exogenous DNA damage. The RNA interference was utilised to knockdown the mRNA expression of target genes. siRNA manipulations were confirmed and different expression profiles were studied by Western blotting analysis. p53 and p21 mRNA levels in MUM1-effective and defective cells were analysed by quantitative PCR analysis. In vitro cytotoxicity analyses were conducted to assess the effect of inactivation of MUM1 alone or together with PARP on the cell viability and colony survival of BRCA-effective or defective cells. The results showed that p53 and p21 activations temporarily increased in cells with MUM1-knockdown, however, MUM1 deficiency did not affect the viability and clonogenic survival of cells compared to controls. Our experiments revealed that MUM1 supports MDA-MB-231 cell survival against PARP inhibition, suggesting MUM1 expression as a biomarker that can be used to predict PARP inhibitor response. As a result, our findings suggested that MUM1 protein might deserve future research to become a potential PARP inhibitor biomarker for patient stratification in the clinic. 2023-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6237 Farklı Evsel Atıkların Kırmızı Kaliforniya Solucanı (Eisenia Fetida) Üreme Yoğunluğuna ve Vermikompost Kalitesi Üzerine Etkisi AŞKIN BOĞATEMÜR, Berçem ÖZET: Bu çalışma artan dünya nüfusu ile beraber azalan doğal kaynakların aşırı tüketimini ve israfı önlemek için hem toprak kalitesini artırmanın alternatif yollarını hem de evsel ve hayvansal atıkların değerlendirilmesini amaçlamaktadır. Evsel atıklardan ve hayvansal atıklardan yararlanılarak elde edilen gübrelerin tarım ve bitki yetiştiriciliğinde kullanılabileceği gösterilmiştir. Bu çalışma kapsamında Kırmızı Kaliforniya Solucanı olarak isimlendirilen Eisenia fetida türü kullanılmıştır. Bu kapsamda 7 tane farklı deney ortamı oluşturulup A1, B1, C1, D1, E1, F1 ve G1 olarak isimlendirilmiştir. Farklı evsel atıklar ile büyükbaş hayvan gübresi kullanılarak vermikompost ortamları hazırlanmıştır. Başlangıç olarak tüm ortamlara 50 adet solucan bırakılmıştır. Altı ay sonunda solucanların üreme durumlarına ve oluşturdukları gübrenin içerik bakımından bileşimlerine bakılmıştır. Sonuçta elde edilen verilere göre; A1 (yumurta kabuğu-çay posası) örnekleminde 1357, B1 (evsel atıklar) örnekleminde 2485, C1 (kavun-karpuz-elma kabuğu) örnekleminde 2350, D1 (yeşil sebze atıkları) örnekleminde 1125, E1 (kuru yaprak-karton kâğıt-çim) örnekleminde 854, F1 (domates-limon-portakal kabuğu) örnekleminde 1143, G1 (hayvan gübresi) örnekleminde 1734 birey tespit edilmiştir. Analizlerde nem, pH, organik C miktarı, toplam organik madde miktarı, N, K, P ve inorganik diğer moleküllerin (Fe, Mn, B, Mg, Ca, Cr, Ni) toplam ppb değerlerinin ölçümü yapılmıştır. Analiz sonucunda evsel atık ve hayvan gübresinin solucanın yaşamını devam ettirebilmesi ve üremesi açısından uygunluk göstermesi ile beraber gübrenin içeriğini önemli ölçüde pozitif yönde değiştirdiği tespit edilmiştir.; ABSTRACT: This study aims to evaluate both alternative ways to improve soil quality and domestic and animal wastes to prevent excessive consumption of natural resources that decrease with the increasing world population. It has been shown that the fertilizers obtained by using domestic wastes and animal wastes can be used in agriculture and plant breeding. Within the scope of this study, Eisenia fetida species named Red California Worm was used. Within the scope of the experiment, 7 different experimental environments were created and named A1, B1, C1, D1, E1, F1 and G1. The vermicompost medium was prepared by using different domestic wastes and cow manure. To begin with, 50 worms were left in all the environments. At the end of six months, the reproductive status of the worms and the composition of the fertilizer they created were examined. According to the data obtained as a result; 1357 worms in the A1 (eggshell-tea pulp) sample, 2485 worms in the B1 (household waste) sample, 2350 worms in the C1 (melon-watermelon-apple peel) sample, 1125 worms in the D1 (green vegetable waste) sample, E1 (dry leaf-carton) paper-grass) sample 854 worms, F1 (tomato-lemon-orange peel) sample 1143 worms, G1 (animal manure) sample 1734 worms. In analysis, the total ppb values of moisture, pH, organic C amount, total organic matter amount, N, K, P and other inorganic molecules (Fe, Mn, B, Mg, Ca, Cr, Ni) were measured. As a result of the analysis, it was determined that the domestic waste and animal manure were suitable for the survival and reproduction of the worm and changed the content of the manure positively. 2022-01-01T00:00:00Z https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6228 The Role of C60 Nanoparticle on Apoptosis and Autophagy in Hmuna Malignant Glioma FARAJ, Aryan Mahmood ABSTRACT: Glioblastoma is one the most aggressive types of astrocytoma, resistant chemo- and radio-therapy. Nanoparticles C60fullerene are the power antioxidant and demonstrate anticancer activity. In contrast to many chemotherapy agents, this fullerene absolutely non-toxic in wide range of concentrations. Pristine C60 fullerene is a promising candidate for many biomedical applications. Despite the fact that, the effect of C60 fullerene in cancer has been extensively studied, the potential regulation of between autophagy and apoptosis has not been addressed in glioblastoma. Molecular mechanism of crosstalk between autophagy and apoptosis in glioma cell line remain unknown. Therefore, we investigated the effect of C60 fullerene on p53/caspase-9/caspase-3/PARP and autophagy pathway on human glioblastoma astrocytoma cell. Glioblastoma U-373 cells were treated with different concentrations (0.5, 1 and 2 μM) C60 fullerene for 24 hours. Cell proliferation and viability were detected by MTT assay. ROS levels were measured by ROS/RNS and DCFD assay respectively. Changes of p53, Caspase-9, Caspase-3, PARP, p21, Beclin1 and LC3protein expressions were analysed by western blotting .Results of MTT assay showed that C60 fullerene significantly decreased cell proliferation and cell viability. All doses C60 fullerene treatment increased ROS and NO levels in U373 cell line. The expression of Beclin-1 and ratio of LC3-II/LC3-I was significantly induced by treatment of C60 fullerene. We showed that apoptosis was significantly upregulated in U373 stimulated with C60 fullerene induced apoptosis and increased the activity of caspase-9/3 and p53. We found that C60 fullerene induced cell cycle arrest, p53-dependent upregulation of p21 and activated PARP in human malignant glioma U-373 cell line after 24-hour treatment. C60 fullerene inhibited the proliferation and induced apoptosis and autophagy in U373 cells in a dose-dependent manner. Overall, our findings have suggested that water-soluble C60 fullerene induces cell cycle arrest, apoptosis, and autophagy in U373 cells through inducing p21/PARP, Beclin1/LC3 and activating p53/caspase-9/caspase-3 pathway signaling pathways. Our findings shed light on the effect of C60 fullerene in glioma cancer cells.; ÖZET: Glioblastoma, kemoterapi ve radyoterapiye karşı yüksek direnç gösterebilen en agresif tipteki astrositom türüdür. Nanopartikül C60 fulleren, güçlü antioksidan ve antikanser aktivitesi göstermektedir. Birçok kemoterapi maddesinin aksine, C60 fulleren yüksek konsantrasyonlarda dahi toksik etki göstermemektedir. Pristine C60 fullerene bir çok biyomedikal uygulama için umut verici bir aday olarak görülmektedir. C60 fulleren’in kanser üzerindeki etkisi kapsamlı bir şekilde incelenmiş olmasına rağmen, glioblastomada, otofaji ve apoptozis arasındaki ilişkideki olası rolü henüz ele alınmamıştır. Glioma hücre hatlarında, otofaji ve apoptoz arasındaki ilişki mekanizması hala tam olarak bilinmemektedir. Bu nedenle, insan glioblastoma astrocytoma hücresi üzerinde C60 fulleren’nin p53/Kaspaz-9/Kaspaz-3/p21/PARP ve otofaji yolağı üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Glioblastoma U-373 hücreleri, 24 saat süreyle farklı konsantrasyonlarda (0,5, 1 ve 2 μM) C60 fulleren ile tedavi edilmiştir. Hücre proliferasyonu ve canlılığı MTT testi ile belirlenerek, ROS seviyeleri sırasıyla ROS/RNS ve DCFD testi ile ölçülmüştür. p53, Kaspase-9, Kaspase-3, p21, PARP Beclin1 ve LC3 proteinlerinin düzeyleri western blot ile belirlenmiştir. MTT analizinin sonuçları, C60 fullerenin hücre proliferasyonunu ve hücre canlılığını önemli ölçüde azalttığını göstermiştir. Tüm dozlar, C60 fulleren ile tedavi edilen U373 hücre hattında ROS ve NO düzeylerini arttırmıştır. Beclin-1'in düzeyi ve LC3-II / LC3-I oranı, C60 fulleren tedavisi ile önemli ölçüde indüklenmiştir. Apoptozisin, regülasyonunun önemli ölçüde artırıldığı gösterilmiştir. C60 fullerene tedavisinin U373 hücre hattında belirgin şekilde ve kaspaz-9/3 ve p53'ün aktivitesini artırdığı ve apoptozisi uyardığı belirlenmiştir. 24 saatlik tedavi süresinin ardından, malign glioma U-373 hücre hattında C60 fulleren’nin p53 bağımlı p21 proteinin ve PARP upregülasyonu sağladığı ve böylece hücre döngüsünün durmasını tetiklediği bulunmuştur. C60 fulleren, doz bağımlı olarak U373 hücrelerinde proliferasyonu yavaşlatmış, apoptozis ve otofajiyi indüklemiştir. Genel olarak bulgularımız suda çözünür C60 fullerenin, p21/PARP,Beclin1/LC3 ve p53/kaspaz-9/kaspaz-3 sinyal yolaklarını indükleyerek U373 hücrelerinde hücre döngüsünün düzenlenmesini, apoptozis ve otofajiyi indüklediğini ve C60 fullerenin glioma kanseri hücrelerindeki etkisine ışık tuttuğunu önermektedir. 2017-01-01T00:00:00Z