Biology https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/1360 2026-08-14T14:33:51Z 2026-08-14T14:33:51Z KİŞEÇOK, Çiğdem https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6247 2026-08-14T13:17:58Z 2023-01-01T00:00:00Z

Parental Olaparib-Dirençli MCF7 Meme Kanseri Hücrelerinin Olaparib Yanıtında MUM1 Proteininin Etkisinin Araştırılması KİŞEÇOK, Çiğdem ÖZET: MUM1 (EXPAND1) proteininin DNA hasarına karşı hücre sağ-kalımını desteklediği gösterilmiştir. DNA hasarı durumunda, MUM1 proteininin tümör süppressör 53BP1 proteiniyle etkileşime girdiği ve neticede hasarlı kromatin bölgesinde toplanarak kromatin relaksasyonunu desteklediği bildirilmiştir. DNA hasarına uğrayan MUM1-inaktif hücrelerde ise defektif kromatin dekondensasyonu nedeniyle oluşan lezyonların biriktiği ve bu nedenle söz konusu hücrelerin genotoksik saldırılara daha hassas hale geldiği gösterilmiştir. Ayrıca, MUM1 protein seviyesinin klinikte başarılı sonuçlar sağlayan PARP inhibitör tedavi yanıtının tahmininde kullanılabilir bir biyobelirteç olabileceği ileri sürülmüştür. Projemizin amacı, PARP inhibitör tedavi yanıtının tahmin edilebilmesi için MUM1 ekspresyon seviyesinin parental ve olaparib dirençli kanser hücrelerinde prediktif bir biyobelirteç olarak kullanılabilir olup olmadığının araştırılmasıdır. Memeli hücre kültürü teknikleri ve MCF7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatları kullanılarak gerçekleştirdiğimiz çalışmalarda, MUM1 biyolojisinin normal şartlar altında ve eksojen DNA hasarı durumundaki fonksiyonel etkisi araştırıldı. Endojen olarak eksprese edilen hedef genlerin mRNA'ları RNA interferans teknolojisi kullanılarak susturuldu. Western blot analizleri gerçekleştirilerek siRNA manipülasyonları teyit edildi ve farklı protein ekspresyon düzeyleri araştırıldı. Kantitatif PCR tekniği kullanılarak MUM1-efektif ve defektif hücrelerdeki p53 ve p21 mRNA miktarları karşılaştırıldı. MUM1'in tekli veya PARP ile birlikte ikili inaktivasyonunun BRCA2-efektif veya defektif arka planlarda hücre canlılığına veya koloni sağ-kalımına olan etkileri in vitro sitotoksisite analizleriyle belirlendi. Sürekli seleksiyon tekniğiyle kullanılarak olaparib-dirençli MCF7 meme kanseri hücreleri geliştirildi ve MUM1 proteininin olaparib tedavisine olan katkısı değerlendirildi. Elde ettiğimiz sonuçlar, MUM1'in baskılandığı hücrelerde p53 ve p21 aktivelerinin geçici olarak arttığını ancak bu durumun hücre canlılığına ve koloni sağ-kalımına etki etmediğini gösterdi. MUM1 proteininin PARP inhibitör tedavisine karşı MDA-MB-231 meme kanseri hücre sağ-kalımını desteklediği, dolayısıyla MUM1 ekspresyonunun PARP inhibitör yanıtının tahmininde kullanılabilir bir biyobelirteç olabileceği belirlendi. Sonuç olarak projemiz, önemli bir DNA hasar yanıt faktörü olma potansiyeli taşıyan MUM1 proteininin daha kapsamlı araştırmaların yapılmasıyla prediktif bir biyogösterge olarak klinikte hasta stratifikasyonunda kullanılabilir olduğunu ortaya çıkarmıştır.; ABSTRACT: MUM1 (EXPAND1) protein was revealed to support cell survival against DNA damage. Upon DNA damage, MUM1 interacts with the tumour suppressor 53BP1 and consequently become recruited towards the damaged chromatin to support the chromatin relaxation. In response to DNA damage, the chromatin decondensation becomes defective in MUM1-deficient cells, which are therefore sensitised to genotoxic insults. In addition, a genome-wide screen identified MUM1 levels as a potential biomarker to predict the treatment response of PARP inhibitors that provide successful outcomes in the clinic. Our project aimed to investigate whether MUM1 levels can be used as a predictive biomarker of PARP inhibitor treatment. Mammalian cell culture was used to uncover the functional effect of MUM1 biology in cells with/without exogenous DNA damage. The RNA interference was utilised to knockdown the mRNA expression of target genes. siRNA manipulations were confirmed and different expression profiles were studied by Western blotting analysis. p53 and p21 mRNA levels in MUM1-effective and defective cells were analysed by quantitative PCR analysis. In vitro cytotoxicity analyses were conducted to assess the effect of inactivation of MUM1 alone or together with PARP on the cell viability and colony survival of BRCA-effective or defective cells. The results showed that p53 and p21 activations temporarily increased in cells with MUM1-knockdown, however, MUM1 deficiency did not affect the viability and clonogenic survival of cells compared to controls. Our experiments revealed that MUM1 supports MDA-MB-231 cell survival against PARP inhibition, suggesting MUM1 expression as a biomarker that can be used to predict PARP inhibitor response. As a result, our findings suggested that MUM1 protein might deserve future research to become a potential PARP inhibitor biomarker for patient stratification in the clinic.

2023-01-01T00:00:00Z AŞKIN BOĞATEMÜR, Berçem https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6237 2026-08-13T06:54:32Z 2022-01-01T00:00:00Z

Farklı Evsel Atıkların Kırmızı Kaliforniya Solucanı (Eisenia Fetida) Üreme Yoğunluğuna ve Vermikompost Kalitesi Üzerine Etkisi AŞKIN BOĞATEMÜR, Berçem ÖZET: Bu çalışma artan dünya nüfusu ile beraber azalan doğal kaynakların aşırı tüketimini ve israfı önlemek için hem toprak kalitesini artırmanın alternatif yollarını hem de evsel ve hayvansal atıkların değerlendirilmesini amaçlamaktadır. Evsel atıklardan ve hayvansal atıklardan yararlanılarak elde edilen gübrelerin tarım ve bitki yetiştiriciliğinde kullanılabileceği gösterilmiştir. Bu çalışma kapsamında Kırmızı Kaliforniya Solucanı olarak isimlendirilen Eisenia fetida türü kullanılmıştır. Bu kapsamda 7 tane farklı deney ortamı oluşturulup A1, B1, C1, D1, E1, F1 ve G1 olarak isimlendirilmiştir. Farklı evsel atıklar ile büyükbaş hayvan gübresi kullanılarak vermikompost ortamları hazırlanmıştır. Başlangıç olarak tüm ortamlara 50 adet solucan bırakılmıştır. Altı ay sonunda solucanların üreme durumlarına ve oluşturdukları gübrenin içerik bakımından bileşimlerine bakılmıştır. Sonuçta elde edilen verilere göre; A1 (yumurta kabuğu-çay posası) örnekleminde 1357, B1 (evsel atıklar) örnekleminde 2485, C1 (kavun-karpuz-elma kabuğu) örnekleminde 2350, D1 (yeşil sebze atıkları) örnekleminde 1125, E1 (kuru yaprak-karton kâğıt-çim) örnekleminde 854, F1 (domates-limon-portakal kabuğu) örnekleminde 1143, G1 (hayvan gübresi) örnekleminde 1734 birey tespit edilmiştir. Analizlerde nem, pH, organik C miktarı, toplam organik madde miktarı, N, K, P ve inorganik diğer moleküllerin (Fe, Mn, B, Mg, Ca, Cr, Ni) toplam ppb değerlerinin ölçümü yapılmıştır. Analiz sonucunda evsel atık ve hayvan gübresinin solucanın yaşamını devam ettirebilmesi ve üremesi açısından uygunluk göstermesi ile beraber gübrenin içeriğini önemli ölçüde pozitif yönde değiştirdiği tespit edilmiştir.; ABSTRACT: This study aims to evaluate both alternative ways to improve soil quality and domestic and animal wastes to prevent excessive consumption of natural resources that decrease with the increasing world population. It has been shown that the fertilizers obtained by using domestic wastes and animal wastes can be used in agriculture and plant breeding. Within the scope of this study, Eisenia fetida species named Red California Worm was used. Within the scope of the experiment, 7 different experimental environments were created and named A1, B1, C1, D1, E1, F1 and G1. The vermicompost medium was prepared by using different domestic wastes and cow manure. To begin with, 50 worms were left in all the environments. At the end of six months, the reproductive status of the worms and the composition of the fertilizer they created were examined. According to the data obtained as a result; 1357 worms in the A1 (eggshell-tea pulp) sample, 2485 worms in the B1 (household waste) sample, 2350 worms in the C1 (melon-watermelon-apple peel) sample, 1125 worms in the D1 (green vegetable waste) sample, E1 (dry leaf-carton) paper-grass) sample 854 worms, F1 (tomato-lemon-orange peel) sample 1143 worms, G1 (animal manure) sample 1734 worms. In analysis, the total ppb values of moisture, pH, organic C amount, total organic matter amount, N, K, P and other inorganic molecules (Fe, Mn, B, Mg, Ca, Cr, Ni) were measured. As a result of the analysis, it was determined that the domestic waste and animal manure were suitable for the survival and reproduction of the worm and changed the content of the manure positively.

2022-01-01T00:00:00Z FARAJ, Aryan Mahmood https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6228 2026-07-22T07:25:01Z 2017-01-01T00:00:00Z

The Role of C60 Nanoparticle on Apoptosis and Autophagy in Hmuna Malignant Glioma FARAJ, Aryan Mahmood ABSTRACT: Glioblastoma is one the most aggressive types of astrocytoma, resistant chemo- and radio-therapy. Nanoparticles C60fullerene are the power antioxidant and demonstrate anticancer activity. In contrast to many chemotherapy agents, this fullerene absolutely non-toxic in wide range of concentrations. Pristine C60 fullerene is a promising candidate for many biomedical applications. Despite the fact that, the effect of C60 fullerene in cancer has been extensively studied, the potential regulation of between autophagy and apoptosis has not been addressed in glioblastoma. Molecular mechanism of crosstalk between autophagy and apoptosis in glioma cell line remain unknown. Therefore, we investigated the effect of C60 fullerene on p53/caspase-9/caspase-3/PARP and autophagy pathway on human glioblastoma astrocytoma cell. Glioblastoma U-373 cells were treated with different concentrations (0.5, 1 and 2 μM) C60 fullerene for 24 hours. Cell proliferation and viability were detected by MTT assay. ROS levels were measured by ROS/RNS and DCFD assay respectively. Changes of p53, Caspase-9, Caspase-3, PARP, p21, Beclin1 and LC3protein expressions were analysed by western blotting .Results of MTT assay showed that C60 fullerene significantly decreased cell proliferation and cell viability. All doses C60 fullerene treatment increased ROS and NO levels in U373 cell line. The expression of Beclin-1 and ratio of LC3-II/LC3-I was significantly induced by treatment of C60 fullerene. We showed that apoptosis was significantly upregulated in U373 stimulated with C60 fullerene induced apoptosis and increased the activity of caspase-9/3 and p53. We found that C60 fullerene induced cell cycle arrest, p53-dependent upregulation of p21 and activated PARP in human malignant glioma U-373 cell line after 24-hour treatment. C60 fullerene inhibited the proliferation and induced apoptosis and autophagy in U373 cells in a dose-dependent manner. Overall, our findings have suggested that water-soluble C60 fullerene induces cell cycle arrest, apoptosis, and autophagy in U373 cells through inducing p21/PARP, Beclin1/LC3 and activating p53/caspase-9/caspase-3 pathway signaling pathways. Our findings shed light on the effect of C60 fullerene in glioma cancer cells.; ÖZET: Glioblastoma, kemoterapi ve radyoterapiye karşı yüksek direnç gösterebilen en agresif tipteki astrositom türüdür. Nanopartikül C60 fulleren, güçlü antioksidan ve antikanser aktivitesi göstermektedir. Birçok kemoterapi maddesinin aksine, C60 fulleren yüksek konsantrasyonlarda dahi toksik etki göstermemektedir. Pristine C60 fullerene bir çok biyomedikal uygulama için umut verici bir aday olarak görülmektedir. C60 fulleren’in kanser üzerindeki etkisi kapsamlı bir şekilde incelenmiş olmasına rağmen, glioblastomada, otofaji ve apoptozis arasındaki ilişkideki olası rolü henüz ele alınmamıştır. Glioma hücre hatlarında, otofaji ve apoptoz arasındaki ilişki mekanizması hala tam olarak bilinmemektedir. Bu nedenle, insan glioblastoma astrocytoma hücresi üzerinde C60 fulleren’nin p53/Kaspaz-9/Kaspaz-3/p21/PARP ve otofaji yolağı üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Glioblastoma U-373 hücreleri, 24 saat süreyle farklı konsantrasyonlarda (0,5, 1 ve 2 μM) C60 fulleren ile tedavi edilmiştir. Hücre proliferasyonu ve canlılığı MTT testi ile belirlenerek, ROS seviyeleri sırasıyla ROS/RNS ve DCFD testi ile ölçülmüştür. p53, Kaspase-9, Kaspase-3, p21, PARP Beclin1 ve LC3 proteinlerinin düzeyleri western blot ile belirlenmiştir. MTT analizinin sonuçları, C60 fullerenin hücre proliferasyonunu ve hücre canlılığını önemli ölçüde azalttığını göstermiştir. Tüm dozlar, C60 fulleren ile tedavi edilen U373 hücre hattında ROS ve NO düzeylerini arttırmıştır. Beclin-1'in düzeyi ve LC3-II / LC3-I oranı, C60 fulleren tedavisi ile önemli ölçüde indüklenmiştir. Apoptozisin, regülasyonunun önemli ölçüde artırıldığı gösterilmiştir. C60 fullerene tedavisinin U373 hücre hattında belirgin şekilde ve kaspaz-9/3 ve p53'ün aktivitesini artırdığı ve apoptozisi uyardığı belirlenmiştir. 24 saatlik tedavi süresinin ardından, malign glioma U-373 hücre hattında C60 fulleren’nin p53 bağımlı p21 proteinin ve PARP upregülasyonu sağladığı ve böylece hücre döngüsünün durmasını tetiklediği bulunmuştur. C60 fulleren, doz bağımlı olarak U373 hücrelerinde proliferasyonu yavaşlatmış, apoptozis ve otofajiyi indüklemiştir. Genel olarak bulgularımız suda çözünür C60 fullerenin, p21/PARP,Beclin1/LC3 ve p53/kaspaz-9/kaspaz-3 sinyal yolaklarını indükleyerek U373 hücrelerinde hücre döngüsünün düzenlenmesini, apoptozis ve otofajiyi indüklediğini ve C60 fullerenin glioma kanseri hücrelerindeki etkisine ışık tuttuğunu önermektedir.

2017-01-01T00:00:00Z BUDUNOĞLU, Remzi https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6227 2026-07-21T12:31:28Z 2016-01-01T00:00:00Z

Hipotiroidi ve Hipertiroidi Hastalarında Homosistein Düzeylerinin Karşılaştırılması BUDUNOĞLU, Remzi ÖZET: Bu çalışma, hipertiroidi ve hipotiroidi hastalarında homosistein düzeylerinin belirlenmesi ve bu sonuçların kontrol grubuyla karşılaştırılarak istatistiksel açıdan anlamlı bir farkın olup olmadığını tespit etmektir. Bu amaçla Bingöl Devlet Hastanesi Endokrinoloji polikliniğine başvuran 50 hipotiroidi, 50 Hipertiroidi hastası ile herhangi bir metabolik rahatsızlığı bulunmayan ve sağlıklı bireylerden oluşan 50 birey kontrol grubu olarak belirlenmiştir. Bu 150 numunenin TSH, Serbest T3, Serbest T4, Vitamin B12, Folik asit ve Homosistein düzeylerine bakılmıştır. Yapılan istatistiksel çalışmalarda, tüm numunelerde yaşa bağlı olarak homosistein düzeyinde artış tespit edilirken, hipotiroidi hastalarında hipertiroidi hastalarına oranla yüksek homosistein düzeyleri tespit edilmiştir.; ABSTRACT: This study was to determine the homocysteine level in hyperthyroid and hypothyroid patients and is a significant statistical difference compared with the control group to determine these results can not be. For this purpose, Bingöl State Hospital admitted to the endocrinology department of 50 patients with hypothyroidism, 50 patients with hyperthyroidism and without any metabolic disorders consisting of 50 healthy individuals are designated as the control group. These 150 samples of TSH, Free T3, Free T4 , vitamin B12 , folic acid and homocysteine levels were analyzed. İn statistical work, all samples were detected in the age-related increase in homocysteine levels, high homocysteine levels in hypothyroid patients compared to patients with hyperthyroidism have been identified.

2016-01-01T00:00:00Z