Institute of Sciences https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/1357 2026-08-14T14:42:02Z 2026-08-14T14:42:02Z KİŞEÇOK, Çiğdem https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6247 2026-08-14T13:17:58Z 2023-01-01T00:00:00Z

Parental Olaparib-Dirençli MCF7 Meme Kanseri Hücrelerinin Olaparib Yanıtında MUM1 Proteininin Etkisinin Araştırılması KİŞEÇOK, Çiğdem ÖZET: MUM1 (EXPAND1) proteininin DNA hasarına karşı hücre sağ-kalımını desteklediği gösterilmiştir. DNA hasarı durumunda, MUM1 proteininin tümör süppressör 53BP1 proteiniyle etkileşime girdiği ve neticede hasarlı kromatin bölgesinde toplanarak kromatin relaksasyonunu desteklediği bildirilmiştir. DNA hasarına uğrayan MUM1-inaktif hücrelerde ise defektif kromatin dekondensasyonu nedeniyle oluşan lezyonların biriktiği ve bu nedenle söz konusu hücrelerin genotoksik saldırılara daha hassas hale geldiği gösterilmiştir. Ayrıca, MUM1 protein seviyesinin klinikte başarılı sonuçlar sağlayan PARP inhibitör tedavi yanıtının tahmininde kullanılabilir bir biyobelirteç olabileceği ileri sürülmüştür. Projemizin amacı, PARP inhibitör tedavi yanıtının tahmin edilebilmesi için MUM1 ekspresyon seviyesinin parental ve olaparib dirençli kanser hücrelerinde prediktif bir biyobelirteç olarak kullanılabilir olup olmadığının araştırılmasıdır. Memeli hücre kültürü teknikleri ve MCF7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatları kullanılarak gerçekleştirdiğimiz çalışmalarda, MUM1 biyolojisinin normal şartlar altında ve eksojen DNA hasarı durumundaki fonksiyonel etkisi araştırıldı. Endojen olarak eksprese edilen hedef genlerin mRNA'ları RNA interferans teknolojisi kullanılarak susturuldu. Western blot analizleri gerçekleştirilerek siRNA manipülasyonları teyit edildi ve farklı protein ekspresyon düzeyleri araştırıldı. Kantitatif PCR tekniği kullanılarak MUM1-efektif ve defektif hücrelerdeki p53 ve p21 mRNA miktarları karşılaştırıldı. MUM1'in tekli veya PARP ile birlikte ikili inaktivasyonunun BRCA2-efektif veya defektif arka planlarda hücre canlılığına veya koloni sağ-kalımına olan etkileri in vitro sitotoksisite analizleriyle belirlendi. Sürekli seleksiyon tekniğiyle kullanılarak olaparib-dirençli MCF7 meme kanseri hücreleri geliştirildi ve MUM1 proteininin olaparib tedavisine olan katkısı değerlendirildi. Elde ettiğimiz sonuçlar, MUM1'in baskılandığı hücrelerde p53 ve p21 aktivelerinin geçici olarak arttığını ancak bu durumun hücre canlılığına ve koloni sağ-kalımına etki etmediğini gösterdi. MUM1 proteininin PARP inhibitör tedavisine karşı MDA-MB-231 meme kanseri hücre sağ-kalımını desteklediği, dolayısıyla MUM1 ekspresyonunun PARP inhibitör yanıtının tahmininde kullanılabilir bir biyobelirteç olabileceği belirlendi. Sonuç olarak projemiz, önemli bir DNA hasar yanıt faktörü olma potansiyeli taşıyan MUM1 proteininin daha kapsamlı araştırmaların yapılmasıyla prediktif bir biyogösterge olarak klinikte hasta stratifikasyonunda kullanılabilir olduğunu ortaya çıkarmıştır.; ABSTRACT: MUM1 (EXPAND1) protein was revealed to support cell survival against DNA damage. Upon DNA damage, MUM1 interacts with the tumour suppressor 53BP1 and consequently become recruited towards the damaged chromatin to support the chromatin relaxation. In response to DNA damage, the chromatin decondensation becomes defective in MUM1-deficient cells, which are therefore sensitised to genotoxic insults. In addition, a genome-wide screen identified MUM1 levels as a potential biomarker to predict the treatment response of PARP inhibitors that provide successful outcomes in the clinic. Our project aimed to investigate whether MUM1 levels can be used as a predictive biomarker of PARP inhibitor treatment. Mammalian cell culture was used to uncover the functional effect of MUM1 biology in cells with/without exogenous DNA damage. The RNA interference was utilised to knockdown the mRNA expression of target genes. siRNA manipulations were confirmed and different expression profiles were studied by Western blotting analysis. p53 and p21 mRNA levels in MUM1-effective and defective cells were analysed by quantitative PCR analysis. In vitro cytotoxicity analyses were conducted to assess the effect of inactivation of MUM1 alone or together with PARP on the cell viability and colony survival of BRCA-effective or defective cells. The results showed that p53 and p21 activations temporarily increased in cells with MUM1-knockdown, however, MUM1 deficiency did not affect the viability and clonogenic survival of cells compared to controls. Our experiments revealed that MUM1 supports MDA-MB-231 cell survival against PARP inhibition, suggesting MUM1 expression as a biomarker that can be used to predict PARP inhibitor response. As a result, our findings suggested that MUM1 protein might deserve future research to become a potential PARP inhibitor biomarker for patient stratification in the clinic.

2023-01-01T00:00:00Z ÇOBAN, Çiğdem https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6246 2026-08-14T13:08:26Z 2022-01-01T00:00:00Z

Glutatyon Redüktaz Enziminin Koyun Dalak Dokusundan Saflaştırılması, Karakterizasyonu ve Bazı Antibiyotiklerin Enzim Aktivitesi Üzerine Etkilerinin Araştırılması ÇOBAN, Çiğdem ÖZET: Bu çalışmada antioksidan metabolizmasının kilit enzimi olan Glutatyon redüktaz (EC 1.8.1.7; GR, Glutatyon: NADP+ oksidoredüktaz) enzimi koyun dalak dokusundan saflaştırıldı. Bu işlem %20-70 arası amonyum sülfat çöktürmesi ve 2', 5'-ADP Sepharose 4B afinite kormatografisi uygulanarak gerçekleştirildi. Neticede enzim %40,61 verimle ve 1564,8 kat saflaştırıldı. SDS-PAGE ile enzimin saflık derecesi kontrol edilip karakterizasyonu yapıldı. Karekterizasyon çalışmalarında; optimum pH : 8,0 ( KH2PO4 tamponu ), optimum iyonik şiddet : 100 mM (KH2PO4 tamponu), stabil pH : 7,0 (KH2PO4 tamponu), optimum sıcaklık : 400C, alt birim molekül kütlesi : 91 kDa olarak tespit edildi. Ayrıca enzimin GSSG ve NADPH substratlarına olan ilgisini belirlemek amacı ile substratların KM sabiti ve Vmax değerleri tespit edildi. NADPH için ; KM sabiti : 0,0061 mM, Vmax değeri 0,259 EÜ/mL, GSSG için ise, KM sabiti : 0,351 mM, Vmax değeri 0,604 EÜ/mL olduğu belirlendi. Bu sonuçlara göre; GR enziminin substratları olan NADPH’a afinitesinin GSSG’ye olandan daha fazla olduğu tespit edildi. Ayrıca koyun dalak GR enzim aktivitesi üzerine bazı ilaçların etkileri araştırıldı. Ampisilin, streptomisin sülfat, gentamisin, sefoperazone sodyum ve prekort-liyo’nun inhibisyon etkisi gösterdiği belirlendi. Bu ilaçların IC50 (mM) değerleri; prekort-liyo :1,27 mM, ampisilin : 3,22 mM, streptomisin sülfat : 7,95 mM, sefoperazon sodyum : 16,97 mM, gentamisin :17,20 Mm, Ki sabitleri; ampisilin : 1,057 ± 0,110, gentamisin : 20,770 ± 8,169, streptomisin sülfat : 3,386 ± 1,305, sefoperazon sodyum : 4,910 ± 0,960 ve precort-liyo : 0,466 ± 0,387, inhibisyon türleri ise; ampisilin ve gentamisin yarışmasız, streptomisin sülfat, sefoperazon sodyum ve precort-liyo yarışmalı olarak tespit edilmiştir.; ABSTRACT: In this study, the enzyme Glutathione reductase (Glutathione: NADP+ oxidoreductase, EC 1.8.1.7; GR), which is the key enzyme of antioxidant metabolism, was purified from sheep spleen tissue. Purification was carried out using 20-70% ammonium sulfate precipitation and 2', 5'-ADP Sepharose 4B affinity chromatography. As a result, the enzyme was purified in 40.61% yield and 1564.8 fold. The purity level of was checked by SDS-PAGE and characterizated. In characterization studies; optimum pH: 8.0 (KH2PO4 buffer), optimum ionic strength: 100 mM (KH2PO4 buffer), stable pH: 7.0 (KH2PO4 buffer), optimum temperature: 400C, subunit molecular mass: 91 kDa. In addition, KM constant and Vmax values of the substrates were determined in order to determine the affinity of the enzyme to GSSG and NADPH substrates. For NADPH; KM constant: 0.0061 mM, Vmax value was 0.259 EU/mL, for GSSG, KM constant: 0.351 mM, Vmax value was 0.604 EU/mL. According to these results; It was determined that the affinity of the GR enzyme to the NADPH substrate was higher than its affinity to the GSSG substrate. In addition, the effects of some drugs on sheep spleen GR enzyme activity were investigated. It was determined that ampicillin, streptomycin sulfate, gentamicin, cefoperazone sodium and precort-lyo showed inhibitory effects. IC50 values of these drugs; precort-lyo: 1.27 mM, ampicillin: 3.22 mM, streptomycin sulfate: 7.95 mM, cefoperazone sodium: 16.97 mM, gentamicin: 17.20 mM, Ki constants; ampicillin : 1.057 ± 0.110, gentamicin : 20.770 ± 8.169, streptomycin sulfate : 3.386 ± 1.305, cefoperazone sodium : 4.910 ± 0.960 and precort-lio : 0.466 ± 0.387, inhibition types; Ampicillin and gentamicin were determined as non-competitive, streptomycin sulfate, cefoperazone sodium and precort-lyo were determined competitively.

2022-01-01T00:00:00Z BARUT, Ceylan https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6245 2026-08-14T12:58:36Z 2023-01-01T00:00:00Z

Yeşil Sentez Yöntemiyle Demir Nanopartiküllerin Bal Fenolik Ekstraktıyla Sentezi ve Biyolojik Aktivitelerinin Belirlenmesi BARUT, Ceylan ÖZET: Bu çalışmada; bal ekstraktı kullanılarak yeşil sentez yöntemiyle demir nanopartikülünün, antioksidan, antimikrobiyal ve antikanser aktiviteleri karşılaştırılarak değerlendirmesi yapılmıştır. Ayrıca Elde edilen bu NP’lerin yapısal, morfolojik ve optik özellikleri UV-Vis, FTIR, XRD, SEM, TEM, EDX ve Zeta potansiyeli kullanılarak karakterize edilmiştir. Devamında DPPH, ABTS, metal şelatlama aktivitesi ve toplam antioksidan kapasitesi ile antioksidan aktiviteleri değerlendirilmiştir. Aynı zamanda balın toplam fenolik ve flavonoid içerikleri belirlenmiş ve yeşil sentezle elde edilen demir nanopartikülüne bağlanan bal ekstraktının fenolik ve flavonoid bileşenleri miktarsal olarak karşılaştırılmıştır. Antimikrobiyal aktivitede ise Saccharomyces cerevisiae ATCC 76521 Escherichia coli ATCC 25922 Gram (-), Staphylococcus aureus ATCC 35150 Gram (+), Candida Albicans mikroorganizmalarında etkinliği araştırılmıştır. Ayrıca demir nanopartikülünün. Antikanser aktivitenin değerlendirilmesinde A549 akciğer kanser hücre hattı üzerinde etkinliğine bakılmıştır.; ABSTRACT: In this study; Comparative evaluation of antioxidant, antimicrobial and anticancer activities of iron nanoparticle by green synthesis method using honey extract was made. In addition, the structural, morphological and optical properties of these NPs were characterized using UV-Vis, FTIR, XRD, SEM, TEM, EDX and Zeta potentials. Afterwards, DPPH, ABTS, metal chelating activity and total antioxidant capacity and antioxidant activities were evaluated. At the same time, the total phenolic and flavonoid contents of honey were determined and the phenolic and flavonoid components of the honey extract bound to the iron nanoparticle obtained by green synthesis were quantitatively compared. In antimicrobial activity, its effectiveness was investigated in Saccharomyces cerevisiae ATCC 76521, Escherichia coli ATCC 25922 Gram (-), Staphylococcus aureus ATCC 35150 Gram (+), Candida Albicans microorganisms. In the evaluation of anticancer activity, its effectiveness on the A549 lung cancer cell line was examined.

2023-01-01T00:00:00Z ARAL, Celal https://acikerisim.bingol.edu.tr/handle/20.500.12898/6244 2026-08-14T12:45:14Z 2021-01-01T00:00:00Z

Bingöl İli Buğday Üretimini Etkileyen Faktörlerin Mevcut Durumu ve Analizi ARAL, Celal ÖZET: Bingöl ili buğday üretimi açısından uygun iklime sahip olmakla birlikte arzu edilen verime ulaşılamamaktadır. Bu çalışma, Bingöl ilinde yapılan buğday yetiştiriciliğinin mevcut durumunu belirlemek ve yetiştiricilerin sorunlarını tespit ederek bu sorunlara çözüm önerileri getirmek amacıyla yapılmıştır. Çalışmada, oransal örnekleme yöntemiyle Bingöl ili merkez ve ilçelerinde belirlenen 181 kişi ile yüz yüze yapılan anketlerden elde edilen yatay kesit verileri kullanılmıştır. İncelenen işletmelerde arazi büyüklüğüne göre değerlendirildiğinde işletmelerin büyük çoğunluğu 0-50 da arasında büyüklüğe sahip olup iş gücü temininin tamamına yakını aile fertlerinden oluştuğu tespit edilmiştir. İncelenen işletmelerde Syrena Odeska ve Bezostaja yaygın olmak üzere toplam 13 farklı kışlık ekmeklik buğday çeşidi ekildiği belirlenmiştir. Ayrıca düşük oranda Bahare gibi yazlık tabiatlı yerel çeşitler de yetiştirilmektedir. İşletmelerin tamamına yakını 15 kg/da ve üzeri tohumluk ekmektedir. Yetiştiricilerin büyük bir kısmının (%93,2) toprak analizi yaptırmadıkları işletmelerde %60,1’i taban gübresi kullanırken %35’inin ise taban gübresi kullanmadığı buna karşın büyük çoğunluğun üst gübre kullandığı sonucu ortaya çıkmıştır. İncelenen işletmelerde yetiştiricilerin büyük bir kısmının (%93,2) toprak analizi yaptırmadıkları, işletmelerin %60,1’i taban gübresi kullanırken %35’inin ise taban gübresi kullanmadığı buna karşın büyük çoğunluğun üst gübre kullandığı sonucu ortaya çıkmıştır. Dekara buğday veriminin işletmelerin %89’unda 100-350 kg/da aralığında olduğu görülmüştür. Araştırma bulguları sonucunda; küçük ölçekli arazilerin kârlı olmadığı gerekçesiyle boş bırakıldığı, genç nüfusun da şehir merkezlerine göç ettiği anlaşılmıştır. Bingöl ilinde uygun buğday çeşitlerinin geliştirilmesi ile uygulamaya dönük yetiştirme tekniklerinin belirlenerek birim alandan kaliteli ve yüksek verim elde edilecek şekilde üreticilere tavsiye edilmesi, desteklerin geliştirilmesi, üretici birlikleri ile yetiştiriciler arasındaki ilişkilerin gözden geçirilerek sağlam, dinamik ve sürdürülebilir bir diyalog ortamı kurulmasına yönelik bir yapı oluşturulması önem arz etmektedir.; ABSTRACT Although the province of Bingol has a suitable climate for wheat production, desired grain yield cannot be achieved. This study was conducted with the aim of determining the current state of wheat cultivation in Bingol province, identifying the problems of growers and bringing solutions to these problems. In the study, horizontal cross-sectional data obtained from face-to-face surveys conducted with 181 people identified in the center and counties of Bingol province by the proportional sampling method were used. According to research findings; when evaluated according to the size of the area in the examined operations, it was stated that the majority of the operations have a size between 0-50. It has been established that the labour force of enterprises consists almost entirely of family fertility. It was determined that a total of 13 different winter bread wheat varieties, mostly Syrena Odeska and Bezostaja, were sown in the examined enterprises. In addition, local spring varieties such as Bahare, are also grown at a low rate. It has been concluded that the sowing method is 52% broadcast seeding and 48% with sowing machine in enterprises where winter types are usually planted in October and spring types are planted in April. Almost all of the enterprises apply 15 kg/da and above plant density. In the wheat enterprises where most of the growers (93.2%) did not have soil analysis, 60.1% used as basal fertilizer and 35% did not use base fertilizer, but the majority of them used as top dressing. It has been observed that the wheat yield is in the range of 100-350 kg/da in 89% of the farms. As a result of the research findings; it was understood that small-scale lands were not cultivated on the grounds that they were not profitable, and the young population migrated to city centers. As a result of the research findings; it was understood that small-scale lands were not cultivated the field that they were not profitable, and the young population migrated to city centers. In Bingol province, the development of wheat varieties in accordance with the regional conditions of wheat cultivation, the cultivation techniques that are adapted to the application, the quality of the unit area and the high yield will be achieved. It is important to form a structure aimed at establishing a dynamic and sustainable dialogue environment.

2021-01-01T00:00:00Z